2018년2월 1일에 16번 노선이 옥포e편한세상과 옥포중앙시장을 경유하게 바뀌면서 16-1번이 기존 16번 옥포시내구간 노선을 그대로 따라가게 되었으며 경유지에 삼도하이츠아파트가 추가되었다. 옥현상가 → 국산초 → 삼도하이츠아파트 → 옥포중 순서로 운행하도록 변경되었다. 그와 더불어 고현 회차 시(출퇴근시간 제외) 연초시내 미경유.
17시 이후로는 다시 16-3번으로 운행하며 주간노선과는 달리 상하행 모두 대우오션프라자를 경유한다는 차이점이 있으며 한시적으로 운행하지 않고 막차 직전까지 30~40분[4] 간격으로 계속 다닌다. 이 경우 바로 윗줄에서 서술한 노선과 번호는 같지만 정 반대의 성격이다. 막차는 고현버스터미널 기준으로 평일 21시 40분[5], 주말 21시 30분이다.
심야시간대에 일 1회 운행하는 노선. 16-3번의 진짜 막차라고 봐도 무방하며 22시 30분에 출발한다. 고현에서 아주 방향은 16-3번 오후노선과 전 구간이 일치[6]하나 고현 방향으로는 옥포시내와 연초, 수월을 경유하지 않고 거제대로로 쭉 달린다. 다만 다른 막차노선들과는 달리 송정 아랫길은 경유한다.
개편 전 16번에 비해 지원운행 노선이 많았었다. 원래 옥포중앙시장을 경유하는 노선이었지만[7] 6시 44분에 아주안골에서 출발하는 노선은 옥포종합사회복지관을 경유했고 7시 20분에 출발하는 노선은 조라를 경유했다. 7시 40분과 50분에 출발하는 노선은 구.여객선터미널로 가지 않고 성지중학교를 경유한 뒤 옥포종합사회복지관을 경유하여 고현으로 향했다.[8] 고로 본선 기준으로만 보면 아침 8시 25분에 출발하는 차가 사실상 첫차였던 셈.
하루 1번 아주를 거쳐 능포까지 갔다. 능포에 도착한 후엔 16-2번으로 바꾸고 아주에 들어갔다가 고현으로 돌아가는 운행 계통이었다. 단, 16-2번 때와 달리 소오비를 경유하였다. 이 역시 지원노선 정리로 없어졌다.
[폐지][폐지][평일] 평일 한정[4] 주말 40~80분[5] 현대 에어로타운으로 운행한다.[6] 그러니 16-3번 상행 막차를 놓쳤다고 망연자실해 할 필요가 없다. 다만 하행을 놓쳤다면 트래킹 확정.[7] 2018년 2월 1일 개편으로 현재는 16-1번과 지원노선들까지 통째로 옥포중앙시장에서 철수하였다.[8] 이 중 아침 7시 50분에 성지중을 경유하는 지원노선에는 저상버스가 들어갔는데 이 운행을 위해 15번이 존재했었다.