최근 수정 시각 : 2023-02-18 16:27:39

니어:오토마타/줄거리

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게임 플레이 팁 등장인물 줄거리
도전 과제 스포일러 주제가
외전: 요르하: 어둠의 묵시록
복제된 공장 폐허 · 인형들의 군사기지 · 희망의 포대: '탑'
TVA

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이 문서가 설명하는 작품이나 인물 등에 대한 줄거리, 결말, 반전 요소 등을 직·간접적으로 포함하고 있습니다.


1. A~B 루트(2B, 9S 루트)
1.1. Ch.01 : 프롤로그
1.1.1. Ch.01-01 : 요르하 부대 지구 강하 작전
1.1.1.1. Ch.01-01_1 : 2B 공중전1.1.1.2. Ch.01-01_2 : 9S 공중전
1.1.2. Ch.01-02 : 공장 폐허
1.1.2.1. Ch.01-02_1 : 2B 거대 방위병기전1.1.2.2. Ch.01-02_2 : 9S 공장 외부 탐색1.1.2.3. Ch.01-02_3 : 2B 공장 내 탐색1.1.2.4. Ch.01-02_4 : 2B 거대 방위병기전
1.1.3. Ch.01-03 : 초대형 병기전
1.1.3.1. Ch.01-03_1 : 2B 지상전1.1.3.2. Ch.01-03_2 : 9S 공중전1.1.3.3. Ch.01-03_3 : 2B 공중전
1.1.4. Ch.01-04 : 벙커
1.1.4.1. Ch.01-04_1 : 2B의 각성1.1.4.2. Ch.01-04_2 : 9S 2B 기동 세트업 어시스트
1.1.5. Ch.01-05 : 주어진 임무
1.2. Ch.02 : 레지스탕스 캠프
1.2.1. Ch.02-01 : 폐허 도시 착륙 1.2.2. Ch.02-02 : 사막을 향해
1.3. Ch.03 : 아담이브
1.3.1. Ch.03-01 : 사막 지대1.3.2. Ch.03-02 : 사막 단지1.3.3. Ch.03-03 : 아담전1.3.4. Ch.03-04 : 요르하 부대원 수색
1.4. Ch.04 : 광기의 가희
1.4.1. Ch.04-01 : 유원지 폐허1.4.2. Ch.04-02 : 전차형 기계생명체1.4.3. Ch.04-03 : 가희 강림1.4.4. Ch.04-04 : 사자의 방문
1.5. Ch.05 : 꿰뚫린 대지
1.5.1. Ch 05-01 : 파스칼의 마을1.5.2. Ch.05-02 : 초대형 병기 습격1.5.3. Ch.05-03 : 에일리언 함선1.5.4. Ch.05-04 : 아담·이브전
1.6. Ch.06 : 숲의 왕
1.6.1. Ch.06-01 : 벙커에서 조사 보고1.6.2. Ch.06-02 : 상업 시설의 흔적으로1.6.3. Ch.06-03 : 삼림 지대 탐색1.6.4. Ch.06-04 : 숲속 성1.6.5. Ch.06-05 : 복수자 A2
1.7. Ch.07 : 방황하는 아이
1.7.1. Ch.07-01 : 파스칼에게 보고1.7.2. Ch.07-02 : 공모 호위 임무 수주1.7.3. Ch.07-03 : 해상 공중전1.7.4. Ch.07-04 : 괴수
1.8. Ch.08 : 복제된 도시
1.8.1. Ch.08-01 : 사로잡힌 소년
1.8.1.1. Ch.08-01_1 : 2B 9S 수색1.8.1.2. Ch.08-01_2 : 2B 아담전1.8.1.3. Ch.08-01_3 : 9S 기억 영역
1.9. Ch.09 : 광적인 종교
1.9.1. Ch.09-01 : 믿는 자들
1.9.1.1. Ch.09-01_1 : 9S 데이터 오버홀1.9.1.2. Ch.09-01_2 : 2B 기계생명체 동향 조사1.9.1.3. Ch.09-01_3 : 2B 평화 교섭
1.9.2. Ch.09-02 : 탈출
1.9.2.1. Ch.09-02_1 : 9S 해킹을 통한 2B 지원1.9.2.2. Ch.09-02_2 : 2B 공장 폐허 탈출1.9.2.3. Ch.09-02_3 : 2B 대형 다각 병기전
1.9.3. Ch.09-03 : 진실
1.9.3.1. Ch.09-03_1 : 2B 대형 다각 병기 격파1.9.3.2. Ch.09-03_2 : 9S 진실을 알다
1.10. Ch.10 : 상실
1.10.1. Ch.10-01 : 폭주하는 기계들
1.10.1.1. Ch.10-01_1 : 9S 전투 배치1.10.1.2. Ch.10-01_2 : 2B 구원 요청1.10.1.3. Ch.10-01_3 : 2B 레지스탕스 캠프 구원1.10.1.4. Ch.10-01_4 : 2B 대형 다각 병기전
1.10.2. Ch.10-02 : 다괴구성 구체 병기전1.10.3. Ch.10-03 : 파스칼의 마을 구원1.10.4. Ch.10-04 : 이브 결전1.10.5. Ch.10-05 : 2B9S
1.10.5.1. Ch.10-05_1 : 싸움의 끝(A 엔딩)1.10.5.2. Ch.10-02_2 : 싸움의 시작(B 엔딩)
2. C~E 루트(A2, 9S 루트)
2.1. Ch.11 : 총공격
2.1.1. Ch.11-01 2B 침공 작전 개시2.1.2. Ch.11-02 9S 방공 시스템 해킹2.1.3. Ch.11-03 2B 제압전2.1.4. Ch.11-04 오염된 요르하 부대2.1.5. Ch.11-05 2B 벙커 탈출2.1.6. Ch.11-06 2B 최후2.1.7. Ch.11-07 9S 이별
2.2. Ch.12 : 모래의 기억
2.2.1. Ch.12_1 : A2 각성2.2.2. Ch.12_2 : A2 사막 지대 전투
2.3. Ch.13 : 육체의 상자
2.3.1. Ch. 13-01 : 9S 각성2.3.2. Ch. 13-02 : 9S 탑 접근2.3.3. Ch. 13-03 : 9S 각오2.3.4. Ch. 13-04 : 9S 자원 회수 유닛 - 육체의 상자
2.4. Ch.14 : 파스칼의 절망
2.4.1. Ch.14-01 : A2 연료용 여과 필터 보급2.4.2. Ch.14-02 : 파스칼의 일상2.4.3. Ch.14-03 : A2 파스칼의 구원 요청2.4.4. Ch.14-04 : A2 동족을 먹는 기계생명체2.4.5. Ch.14-05 : A2 아이들
2.5. Ch.15 : 영혼의 상자
2.5.1. Ch.15-01 : 9S 계속되는 전투2.5.2. Ch.15-02 : 9S 자원 회수 유닛 - 영혼의 상자2.5.3. Ch.15-03 : 9S 손상2.5.4. Ch.15-04 : 9S 수복
2.6. Ch.16 : 신의 상자
2.6.1. Ch.16-01 : 9S 자원 회수 유닛을 향해2.6.2. Ch.16-02 : A2 자원 회수 유닛을 향해2.6.3. Ch.16-03 : 9S 자원 회수 유닛 - 신의 상자2.6.4. Ch.16-04 : A2 기계생명체 형제
2.7. Ch.17 : 탑
2.7.1. Ch. 17-01 : 9S 탑을 향해2.7.2. Ch. 17-02 : 9S 탑 내부2.7.3. Ch. 17-03 : A2 탑을 향해2.7.4. Ch. 17-04 : A2 탑 탐색2.7.5. Ch. 17-05 : 9S 자가수복2.7.6. Ch. 17-06 : 붉은 소녀2.7.7. Ch. 17-07 : 정상으로2.7.8. Ch. 17-08 : 합체 다각 병기전2.7.9. Ch. 17-09 : 9S와 A22.7.10. Ch. 17-10 : 종국(終局)
2.7.10.1. Ch. 17-10_1 : A2의 최후(C 엔딩)2.7.10.2. Ch. 17-10_2 : 9S의 최후(D 엔딩)
2.7.11. Ch. 17-11 : 요르하 계획 최종 단계(E 엔딩)

1. A~B 루트(2B, 9S 루트)

1.1. Ch.01 : 프롤로그

초대형 병기 파괴와 정보 수집 임무를 받은 2B와 9S. 각자 공장 폐허 내부와 외부에서 탐색을 진행한다. 목표를 발견하고 교전에 들어갔지만 2B를 감싼 9S는 중상을 입게 된다.

1.1.1. Ch.01-01 : 요르하 부대 지구 강하 작전

요르하 부대의 강하 작전이 개시되었다. 목표는 초대형 병기 발견 및 파괴. 비행 유닛으로 구성된 공격 부대(2B, 7E, 12H, 1D, 11B, 4B)와 그 부대를 지원하는 스캐너 모델기 한 대(9S) 편성으로 작전이 전개된다.
1.1.1.1. Ch.01-01_1 : 2B 공중전
궤도상에서 대기권 내로 돌입한 요르하 강화 부대. 비행 유닛을 타고 공장 폐허로 향하던 중, 2B의 동료들은 차례로 목숨을 잃는다.
1.1.1.2. Ch.01-01_2 : 9S 공중전
지상에 배치된 9S의 임무는 요르하 공격 부대를 지원하기 위해 적 거점의 방어 시스템을 해제하는 것이었다. 9S는 비행 유닛을 타고 적의 방어 유닛에게 접촉을 시도한다.

1.1.2. Ch.01-02 : 공장 폐허

다시 만나게 된 2B와 9S. 둘로 나눠 공장을 탐색한다.
1.1.2.1. Ch.01-02_1 : 2B 거대 방위병기전
공장 폐허에 들어간 2B. 그 곳에는 중장비처럼 생긴 거대 방어 병기가 기다리고 있었다.
1.1.2.2. Ch.01-02_2 : 9S 공장 외부 탐색
2B를 덮친 거대 방어 병기를 격파하고, 그녀 앞에 나타난 9S.
비행 유닛을 이용해 공장 외부 탐색을 시작한다.
1.1.2.3. Ch.01-02_3 : 2B 공장 내 탐색
초대형 병기를 탐색하기 위해, 2B는 공장 내부에 침입한다.
1.1.2.4. Ch.01-02_4 : 2B 거대 방위병기전
공장 대부분을 탐색한 2B. 그러나 목표는 발견하지 못했다.
포기하려던 그녀 앞에 거대 방어 병기 2체가 나타난다.

1.1.3. Ch.01-03 : 초대형 병기전

2B가 거대 방어 병기를 쓰러트린 것처럼 보였다.
그러나 방어 거대 병기 2체는 공장의 건조물과 합체하여 진정한 모습을 드러낸다.
1.1.3.1. Ch.01-03_1 : 2B 지상전
다리 위에서 초거대 병기와 전투를 벌이는 2B. 체격 차가 너무 큰 나머지 고전하게 된다.
1.1.3.2. Ch.01-03_2 : 9S 공중전
2B 호위를 위해, 9S는 적 중추 해킹을 시도한다.
2B를 감싸다 중상을 입은 9S였으나 포드를 사용해 적 기체의 상완부 제어권을 빼앗는 데 성공한다.
1.1.3.3. Ch.01-03_3 : 2B 공중전
9S로부터 비행 유닛을 계승 받은 2B는 공중에서 초대형 병기를 공격한다.

1.1.4. Ch.01-04 : 벙커

2B와 9S는 블랙박스 반응으로 대폭발을 일으켜 적 무리를 파괴했다.
그녀는 신체를 잃고 말았지만, 업로드한 데이터를 새로운 의체로 옮겨 다시 기동한다.
1.1.4.1. Ch.01-04_1 : 2B의 각성
2B는 요르하 부대의 위성 기지, 벙커에서 눈을 뜬다.
1.1.4.2. Ch.01-04_2 : 9S 2B 기동 세트업 어시스트
2B의 기동 세트업을 돕기 위해, 9S는 그녀의 방으로 향한다.

1.1.5. Ch.01-05 : 주어진 임무

사령실. 요르하 부대 사령관으로부터 지상에 있는 레지스탕스와 접촉하고 정보를 수집하는 임무를 받는다.

1.2. Ch.02 : 레지스탕스 캠프

레지스탕스로부터 정보를 수집하는 임무를 받고 폐허 도시에 가게 된 2B와 9S.
그들의 캠프에서 궁지에 몰린 레지스탕스 일행을 돕게 된다.

1.2.1. Ch.02-01 : 폐허 도시 착륙

비행 유닛을 타고 폐허 도시로 이동.
레지스탕스 캠프를 방문한 일행 리더 아네모네와 접촉한다.

1.2.2. Ch.02-02 : 사막을 향해

사막 지대의 기계생명체를 토벌하기 위해 2B 일행은 레지스탕스 캠프를 뒤로한다.

1.3. Ch.03 : 아담이브

아네모네의 의뢰를 받아 사막 지대로 향하게 된 2B와 9S. 그곳에 있던 기계생명체들은 말을 할 수 있었다.
도망치는 개체를 쫓아 사막 안으로 들어간 일행은 안드로이드를 닮은 기계생명체와 조우한다.

1.3.1. Ch.03-01 : 사막 지대

목표 기계 생명체들을 토벌하는 2B와 9S.
신기하게도 그 개체들은 말을 하고 옷 같은 것을 걸치고 있었다.

1.3.2. Ch.03-02 : 사막 단지

일찍이 아파트 단지라고 불린 폐허.
그곳에는 엄청난 수의 안드로이드 유해가 버려져 있었다.

1.3.3. Ch.03-03 : 아담전

기묘하게 움직이는 기계생명체들.
그들이 집합 형성한 고치에서 한 사내가 태어난다.
그것은 안드로이드를 닮은 기계생명체였다.

1.3.4. Ch.03-04 : 요르하 부대원 수색

인간형 기계생명체를 저지하며 무너지는 동굴에서 탈출한 2B 일행.
벙커에서 온 통신을 통해 행방불명된 요르하 부대 탐색 임무를 맡는다.

1.4. Ch.04 : 광기의 가희

2B와 9S는 동료를 찾기 위해 유원지 폐허로 가게 된다.
기묘한 기계생명체의 환영. 그리고 인간처럼 옷을 입은 노래하는 기계생명체가 모습을 드러낸다.

1.4.1. Ch.04-01 : 유원지 폐허

동료의 신호를 따라가 닿은 곳은 이상한 분위기의 유원지 폐허였다.
피에로 같은 모습의 기계생명체는 즐겁게 노래 부르며 춤을 춘다.

1.4.2. Ch.04-02 : 전차형 기계생명체

유원지 내 광장. 2B 일행을 환영한 것은 옛날 전차 모습을 가진 생명체였다.

1.4.3. Ch.04-03 : 가희 강림

2B와 9S는 동료의 반응이 있는 극장 호텔에 들어간다.
어두운 극장 안. 무대의 막이 오른다. 그리고 안드로이드의 유해를 몸에 걸친 오싹한 기계생명체가 노래를 부르기 시작했다.

1.4.4. Ch.04-04 : 사자의 방문

유원지 폐허 입구에는 백기를 든 기계생명체가 2B를 기다리고 있었다.

1.5. Ch.05 : 꿰뚫린 대지

폐허 도시에서 벌어진 전투가 대규모 함몰로 이어지고 동시에 에일리언의 반응이 나타난다.
지하로 향한 2B 일행은 그곳에서 적의 모선을 발견하고, 선내에 있던 아담과 이브와 조우한다.

1.5.1. Ch 05-01 : 파스칼의 마을

우호적인 자세를 보이는 기계생명체에 이끌려 파스칼이라고 하는 개체와 교류한다.

1.5.2. Ch.05-02 : 초대형 병기 습격

파스칼의 마을을 떠나자마자 폐허 도시에 대형 기계생명체가 나타났다는 소식을 듣게 된다.
2B 일행은 비행 유닛을 수령하고 요격에 나선다.

1.5.3. Ch.05-03 : 에일리언 함선

지하공간의 붕괴로 인해 폐허 도시는 모습이 크게 바뀌었다.
돌연 나타난 에일리언의 반응을 쫓아 지하로 향한다.
그 옆에 있던 것은 에일리언의 모선으로 보이는 시설이었다.

1.5.4. Ch.05-04 : 아담·이브전

모선 내에 있던 것은 말라 비틀어진 에일리언의 사체들뿐이었다.
놀람을 금치 못하는 2B 일행 앞에, 사막의 동굴에서 태어났던 두 체의 기계생명체, 아담과 이브가 모습을 드러낸다.

1.6. Ch.06 : 숲의 왕

파스칼의 정보를 듣고 숲의 나라로 향하는 2B와 9S. 숲 속에 우뚝 솟은 성안에서 숲의 왕을 찾아내지만,
왕은 요르하의 여성형 안드로이드에게 파괴되고 만다. 그녀는 부대에서 탈주한 A2라는 기체였다.

1.6.1. Ch.06-01 : 벙커에서 조사 보고

아담과 이브를 놓치고 벙커로 돌아온 2B와 9S.
아담과 이브가 말했던 내용. 에일리언이 기계생명체의 손에 의해 멸망한 사실을 사령관에게 보고한다.

1.6.2. Ch.06-02 : 상업 시설의 흔적으로

사령관의 명령으로 기계생명체 정보 수집에 착수하는 2B 일행.
파스칼의 말에 따르면 네트워크로부터 독립된 기계생명체가 숲 속에 나라를 만들었다고 한다.

1.6.3. Ch.06-03 : 삼림 지대 탐색

상업 시설의 흔적을 지나 삼림 지대에 들어간 2B와 9S.
갑옷을 두른 기계생명체들은 입을 모아 왕이라고 외치며 둘을 덮친다.

1.6.4. Ch.06-04 : 숲속 성

2B와 9S는 숲속 성에 도착한다. 적 기계생명체를 물리치며 성내를 탐색한다.

1.6.5. Ch.06-05 : 복수자 A2

옥좌가 있는 방에 도착한 2B 일행. 그러나 왕은 어린 아기 기계생명체였다.
어안이 벙벙한 2B 일행 앞에 갑자기 의문의 안드로이드가 나타났다.

1.7. Ch.07 : 방황하는 아이

항공모함의 보급 부대를 호위하기 위해 수몰 도시를 찾은 2B 일행. 그곳에 적의 습격 소식이 들려온다.
아군을 호위하기 위해 비행 유닛을 끌고 해상으로 향하자, 바닷속에서 거대한 기계생명체가 나타난다.

1.7.1. Ch.07-01 : 파스칼에게 보고

9S는 숲 속 성에서 만난 안드로이드 A2를 파스칼에게 보고한다.
파스칼 일행에 기억에도 A2는 남아있지만 위험한 안드로이드라는 것 그 이상의 정보는 얻지 못했다.

1.7.2. Ch.07-02 : 공모 호위 임무 수주

자아 데이터 체크와 보급을 하기 위해 레지스탕스 캠프로 돌아온 2B와 9S.
아네모네의 의뢰로 안드로이드군의 항공모함을 호위하게 되어 수몰 도시로 향한다.

1.7.3. Ch.07-03 : 해상 공중전

해상에 있는 항공모함이 공격을 받고 있다는 정보가 들어왔다.
비행 유닛으로 적 세력의 제거에 나선다.

1.7.4. Ch.07-04 : 괴수

바닷속에서 나타난 것은 여태껏 본 적이 없는 거대한 기계생명체였다.

1.8. Ch.08 : 복제된 도시

거대 기계생명체를 격파할 때, 9S는 멀리 날아가 소식이 끊어진다.
9S를 찾아다니던 2B는 이윽고 새하얀 결정으로 이루어진
신기한 도시에 도착한다. 그곳에서는 아담이 홀로 기다리고 있었다.

1.8.1. Ch.08-01 : 사로잡힌 소년

격파된 초거대 기계생명체.
그러나 9S는 적을 격파할 때 일어난 폭발의 영향으로 행방불명이 된다.
이후 정신을 읺다가 눈을 뜬 2B는 탐색에 나선다.
1.8.1.1. Ch.08-01_1 : 2B 9S 수색
정신을 읺다가 눈을 뜬 2B는 행방불명된 9S의 탐색에 나선다.
미약한 블랙박스 신호를 감지하기 위해 아네모네로부터
특수한 스캐너 정보를 입수한다.
1.8.1.2. Ch.08-01_2 : 2B 아담전
9S의 신호를 따라가는 동안 새하얀 결정의 마을에 가게 된 2B.
그리고 다시금 모습을 나타낸 아담. 그는 인류에 대한 흥미로 이 도시를 만들고, 인류의 본질 죽음을 이해하기 위해 2B에게 싸움을 건다.
1.8.1.3. Ch.08-01_3 : 9S 기억 영역
초거대 생명체 격파의 충격으로 파손된 9S는 자신의 기억 영역 안을 멤돈다.

1.9. Ch.09 : 광적인 종교

기계생명체 무리와 평화 협정을 맺기 위해, 2B는 파스칼과 함께 공장 폐허에 발을 들인다. 그곳에서는 기계생명체가 신을 믿는 종교가 성행했다.
미친 교리의 화살은 2B 일행에게로 향했다.

1.9.1. Ch.09-01 : 믿는 자들

평화 교섭을 위해 공장 폐허를 방문한 2B와 파스칼은
교섭을 시작하자마자 기계생명체들에게 습격을 받고 있다.
한편 9S는 벙커에서 직접 시스템을 검사하고 있었다.
1.9.1.1. Ch.09-01_1 : 9S 데이터 오버홀
아담에게 오래 붙잡혀 있던 9S는 바이러스 오염이 의심되었다.
데이터 오버홀을 위해, 9S는 자신의 시스템 점검을 실시한다.
1.9.1.2. Ch.09-01_2 : 2B 기계생명체 동향 조사
2B는 네트워크로부터 해방된 기계생명체의 동향을 조사하는 임무에 착수한다.
파스칼의 연락을 받아 다른 기계생명체의 무리가 평화 협정을 원한다는 것을 알게 된다.
1.9.1.3. Ch.09-01_3 : 2B 평화 교섭
기계생명체 무리와 평화 협정을 맺기 위해, 2B는 공장 폐허 입구에서 파스칼과 만난다.
공장 안에서 기다리고 있던 것은 기묘한 종교를 믿는 로봇 집단이었다.

1.9.2. Ch.09-02 : 탈출

2B 일행의 탈출을 돕기 위해, 9S는 벙커에서 해킹을 시도한다.
1.9.2.1. Ch.09-02_1 : 9S 해킹을 통한 2B 지원
벙커에 있는 자신의 방에서 눈을 뜬 9S는 오퍼레이터로부터 2B가 지원 요청 중이라는 말을 듣게 된다. 2B 지원을 위해 대형 터미널에서 공장 폐허를 해킹한다.
1.9.2.2. Ch.09-02_2 : 2B 공장 폐허 탈출
2B는 9S의 지원을 받아 파스칼과 함께 공장 폐허 탈출을 시도한다.
1.9.2.3. Ch.09-02_3 : 2B 대형 다각 병기전
탈출 도중에 2B는 대형 다각 병기와 조우한다.
그 개체는 강력한 애너지 실드를 펼처 공격이 전혀 통하지 않는다.
실드를 해제하기 위해 9S는 공장 시스템 해킹을 시도한다.

1.9.3. Ch.09-03 : 진실

대형 다각 병기를 무사히 파괴한 것을 확인하고, 9S는 해킹을 그만둔다.
그러나 진실을 알고 만 그는...
1.9.3.1. Ch.09-03_1 : 2B 대형 다각 병기 격파
대형 다각 병기를 파괴하고 파스칼과 함께 엘리베이터를 타고 지상으로 향한다.
1.9.3.2. Ch.09-03_2 : 9S 진실을 알다
사령관의 부름을 받은 9S는 메인 서버에 남은 기록의 모순을 전한다.
사령관의 입에서 나온 말은 인류가 절멸했다는 사실이었다. 그 말에 동요하는 9S.

1.10. Ch.10 : 상실

폐허 도시에서 폭주한 기계생명체가 대량을 출현했다. 2B와 9S는 그들을 요격한다.
레지스탕스 캠프 앞에 나타난 대형 병기를 파괴하지만 잔해 안해서 광기에 물든 이브가 모습을 드러낸다.

1.10.1. Ch.10-01 : 폭주하는 기계들

1.10.1.1. Ch.10-01_1 : 9S 전투 배치
인류가 멸망했다는 사실을 알고 곤혹스러워하는 9S.
그런 9S의 생각을 지우려는 듯 전투 배치 긴급 지령이 떨어진다.
1.10.1.2. Ch.10-01_2 : 2B 구원 요청
파스칼과 함께 무사히 공장 폐허를 탈출한 2B. 그때 레지스탕스 캠프의 아네모네가 구원 요청을 보낸다.
1.10.1.3. Ch.10-01_3 : 2B 레지스탕스 캠프 구원
레지스탕스 캠프에 도착한 2B는 기계생명체가 안드로이드를 포식하는 모습을 목격한다.
적은 사격을 튕겨내는 에너지 시리드를 펼치고 있기에 2B는 근접 공격으로 적 섬멸에 나선다.
1.10.1.4. Ch.10-01_4 : 2B 대형 다각 병기전
폐허 도시에서 기다리고 있던 것은 방전 공격을 하는 대형 다각 병기였다.

1.10.2. Ch.10-02 : 다괴구성 구체 병기전

다각 병기와의 전투 중, 9S가 날아와 비행 유닛을 분리해 적에게 직격시킨다.

1.10.3. Ch.10-03 : 파스칼의 마을 구원

파스칼에게 구원 요청을 받고 파스칼의 마을로 가는 2B와 9S.
마을에는 폭주한 기계생명체들이 몰려들고 있었다.

1.10.4. Ch.10-04 : 이브 결전

아담을 잃은 이브는 증오한 나머지 폭주하여 네트워크로 연결된 기계생명체들을 흉포화시켰다.
이브를 정지시키지 않는 한 흉포화된 개체는 막을 수 없다. 2B와 9S는 이브 격파를 위해 결전에 임한다.

1.10.5. Ch.10-05 : 2B9S

9S는 이브의 네트워크를 분리할 때 물리 오염을 당하고 만다.
2B는 오염된 9S를 자신의 손으로 죽이기로 결심한다.
1.10.5.1. Ch.10-05_1 : 싸움의 끝(A 엔딩)
아담과 이브를 둘러싼 싸움은 끝을 맺었다.
안드로이드와 기계생명체의 싸움이 계속 이어지는 동안 2B와 9S는 그저 삶을 곱씹었다.
1.10.5.2. Ch.10-02_2 : 싸움의 시작(B 엔딩)
9S와 함께 벙커로 돌아온 2B. 장갑복으로 몸을 두른 그녀는 새로운 싸움에 몸을 던진다.

2. C~E 루트(A2, 9S 루트)

2.1. Ch.11 : 총공격

아담과 이브를 쓰러트린 요르하 부대는 기계생명체에게 총공격을 감행한다.
그러나 부대는 대규모 바이러스 오염으로 인해 궤멸당하고 만다.
겨우 살아남은 2B 일행. 그러나 오염은 2B에게까지 미쳤다.

2.1.1. Ch.11-01 2B 침공 작전 개시

네트워크 기반 유닛인 아담, 이브가 격파되어 기계생명체의 지휘 계통은 혼란 상태에 빠진다.
이것을 기회 삼아 인류군은 지상으로 대규모 침공 작전을 전개한다.

2.1.2. Ch.11-02 9S 방공 시스템 해킹

기계생명체의 방공 시스템을 마비시키기 위해 9S는 스캐너 부대와 함께 시스템을 해킹하는 임무에 나선다.

2.1.3. Ch.11-03 2B 제압전

유격부대인 2B는 각지를 제압중인 선행부대를 원호한다.

2.1.4. Ch.11-04 오염된 요르하 부대

적의 EMP 공격으로 인해 요르하 부대는 바이러스에 침식당하고 만다. 2B 일행은 어쩔수 없이 덮쳐 오는 동포들을 공격한다.

2.1.5. Ch.11-05 2B 벙커 탈출

벙커에 있는 자신의 침대 위에서 눈을 뜬 2B. 9S와 함께 사령관에게 상황을 보고하지만, 이미 벙커는 바이러스로 오염된 상태였다. 사령관은 붕괴하는 벙커와 운명을 함께한다.

2.1.6. Ch.11-06 2B 최후

벙커에서 탈출한 2B. 그러나 요르하 부대의 공격을 받아 지상으로 추락한다.
닥쳐오는 기계생명체와 대치하면서, 자신의 몸도 바이러스에 침식을 당하기 시작한다.

2.1.7. Ch.11-07 9S 이별

지상에 떨어진 9S는 2B의 블랙박스 신호를 길잡이 삼아 그녀의 곁으로 향한다.

2.2. Ch.12 : 모래의 기억

2B의 최종 지령으로 A2 수행 명령을 받은 포드 042. 불편해하는 A2는 아랑곳없이 포드는 그녀에게 끈질기게 달라붙는다.

2.2.1. Ch.12_1 : A2 각성

상업 시설의 흔적에서 눈을 뜬 A2. 계속 붙어 다니는 포드는 싫지만 대형 기계생명체를 파괴하기 위해 사막 지대로 향한다.

2.2.2. Ch.12_2 : A2 사막 지대 전투

사막 지대에서 적 기계생명체를 격파하고 김이 빠진 A2.
그런데 모래속에서 거대한 연결 기계생명체가 모습을 드러낸다.
고전하는 A2는 B모드를 이용하여 격파를 시도한다.

2.3. Ch.13 : 육체의 상자

탑에 엑세스한 9S는 자원 회수 유닛에게 향하도록 유도되어 숲 속 성 부근에 있던 대형 유닛에게 가게 된다.

2.3.1. Ch. 13-01 : 9S 각성

붕괴하는 지형에 말려들어 정신을 잃은 9S. 레지스탕스 캠프에서 데볼과 포폴의 간호를 받아 눈을 뜬다.

2.3.2. Ch. 13-02 : 9S 탑 접근

폐허 도시에 출현한 거대 구조물로 향하는 9S. 그 시스템을 엑세스하자 음성 안내가 나오고 자원 회수 유닛 투어를 소개받는다

2.3.3. Ch. 13-03 : 9S 각오

탑에서 자원 회수 유닛으로 향하던 중 9S는 자신의 의지로 기계생명체 섬멸과 A2 살해를 강하게 결심한다.

2.3.4. Ch. 13-04 : 9S 자원 회수 유닛 - 육체의 상자

자원 유닛 아래에 도착한 9S. 방어 체제를 갖추는 자원 회수 유닛 내부로 들어가 엑세스 해제 키를 입수하기 위해 상층부로 향한다.

2.4. Ch.14 : 파스칼의 절망

갑자기 파스칼의 마을에 있던 기계생명체가 폭주를 일으킨다.
통신을 받고 마을로 향한 A2는 파스칼과 아이들을 대피시키고 적을 진압한다.
피난처에 나타난 적도 파스칼과 함께 격퇴하지만...

2.4.1. Ch.14-01 : A2 연료용 여과 필터 보급

대형 기계생명체의 과부하로 인해 정지, 재기동한 A2, 열화한 연료용 여과 필터를 교환하기 위해, 그녀는 레지스탕스 캠프로 향한다.

2.4.2. Ch.14-02 : 파스칼의 일상

아이들과 노는 파스칼, 아무 일도 없는 소중한 일상… 그런데 갑자기 멀리서 울리는 기분 나쁜 소리가 평온을 부수었다.

2.4.3. Ch.14-03 : A2 파스칼의 구원 요청

파스칼이 의뢰한 소재를 입수한 A2. 소재를 전하기 위해 마을로 향한다.

2.4.4. Ch.14-04 : A2 동족을 먹는 기계생명체

파스칼의 마을에 도착한 A2는 동족을 잡아먹는 기계생명체들을 목격한다.

2.4.5. Ch.14-05 : A2 아이들

마을의 아이들과 파스칼은 공장 폐허로 대피했다. A2도 그곳에 도착하지만, 수많은 적이 집결한 것을 알고 요격에 나선다.
그리고 전투를 끝낸 그들을 기다리고 있었던 것은 너무나도 잔혹한 결말이었다.

2.5. Ch.15 : 영혼의 상자

9S가 다음으로 향한 곳은 수몰 도시에 나타난 자원 회수 유닛. 해킹을 구사하여 두 번째 탑의 엑세스 해제 키를 입수한 9S.
그러나 그의 의체는 이미 전투 불능 상태에 빠져 있었다.

2.5.1. Ch.15-01 : 9S 계속되는 전투

포드로부터 바이탈의 이상을 경고받은 9S. 하지만 그는 개의치 않고 다음 자원 회수 유닛으로 서두른다.

2.5.2. Ch.15-02 : 9S 자원 회수 유닛 - 영혼의 상자

수몰 도시의 자원 회수 유닛 안으로 들어간 9S. 내부에는 적이 전혀 보이지 않는다.
그 유닛은 시스템 프로젝트를 해킹으로 해제하지 않으면 코어에 도달할 수 없는 구조였다.

2.5.3. Ch.15-03 : 9S 손상

9S의 NFCS(근거리 공격 관리 시스템)가 고장을 일으킨다.
전투는 고사하고 제대로 달리지도 못하게 된 9S는 데볼에게 수리를 부탁하기 위해 레지스탕스 캠프로 향한다.

2.5.4. Ch.15-04 : 9S 수복

레지스탕스 캠프에 도착한 9S. 염려하는 데볼의 말은 9S에게 닿지 않았다.

2.6. Ch.16 : 신의 상자

자원 회수 유닛 안에서, 9S는 오염된 오퍼레이터 21O와 싸운다. 그리고 A2와 재회한다.
분노의 화살이 A2에게 향할 때 기계생명체가 난입하여 상황을 어지럽힌다.

2.6.1. Ch.16-01 : 9S 자원 회수 유닛을 향해

수리를 끝낸 9S는 다음 자원 회수 유닛을 찾아 유원지 폐허로 향한다.

2.6.2. Ch.16-02 : A2 자원 회수 유닛을 향해

공장 폐허에서 나온 A2는 하늘에 울리는 탑 시스템 서비스 안내의 유도에 따라 동쪽의 대형 유닛에게로 향한다.

2.6.3. Ch.16-03 : 9S 자원 회수 유닛 - 신의 상자

자원 회수 유닛 내부에는 원거리 공격을 하는 기계생명체들이 기다리고 있었다. 적을 파괴하며 나아가던 9S는 생각치도 못한 상대와 조우한다.

2.6.4. Ch.16-04 : A2 기계생명체 형제

9S가 쓰러트리지 못한 오퍼레이터 21O는 A2에 의해 죽음을 맞는다. 그 A2를 보고 분노한 9S.
그런데 새로운 적의 출현으로 인해 하층으로 추락한다. A2는 출현한 기계생명체 형제들과 전투를 벌인다.

2.7. Ch.17 : 탑

기계생명체가 깃든 탑. 그 목적은 알지 못한 채 9S와 A2는 이끌리듯 탑 내부로 들어간다.
거기에서 기다리고 있던 것은 붉은 소녀가 마련한 악몽 같은 진실이었다.

2.7.1. Ch. 17-01 : 9S 탑을 향해

포드의 목소리에 눈을 뜬 9S. 모든 인증 키를 손에 넣은 그는 탑의 입구로 향한다.
록을 해제하자 엄청난 수의 적이 나타나 고전하는 9S지만 데볼과 포폴이 가세한다.

2.7.2. Ch. 17-02 : 9S 탑 내부

데볼과 포폴의 몸을 바친 원호로 9S는 겨우 탑에 들어간다.
탑이 준비한 여흥은 9S에게 가장 좋지 않은… 2B 타입 안드로이드였다.

2.7.3. Ch. 17-03 : A2 탑을 향해

유원지 자원 회수 유닛에서 나온 A2. 포드로부터 탑의 게이트 해제를 확인한 그녀는 입구로 향한다.

2.7.4. Ch. 17-04 : A2 탑 탐색

탑에 들어간 A2는 내부를 탐색하면 햐얗고 거대한 도서실에 발을 들인다.

2.7.5. Ch. 17-05 : 9S 자가수복

왼팔을 잃은 9S는 2B의 팔을 자신에게 접합하지만, 그 팔로 바이러스가 침입한다.
이를 제거하기 위해 스스로 해킹을 시작한다. 그리고 싸워나가는 9S의 앞에 나타난 것은 붉은 옷의 소녀들이었다.

2.7.6. Ch. 17-06 : 붉은 소녀

도서실에 나타난 대형 다각 병기를 격퇴한 A2. 탑 상층으로 이어진 엘리베이터를 타자마자 적에게 강제 해킹을 당하고 만다. 전뇌공간 속에서 그녀는 붉은 소녀와 싸우게 된다.

2.7.7. Ch. 17-07 : 정상으로

오염된 요르하부터 비행 유닛을 빼앗아 탑 상층으로 향하는 9S. A2는 상층으로 이어진 엘리베이터에서 대형 다각 병기와 전투를 벌인다.

2.7.8. Ch. 17-08 : 합체 다각 병기전

탑 정상에 도착한 9S와 A2. 두 개체가 하나로 합쳐진 대형 다각 병기가 둘의 앞을 막아선다.

2.7.9. Ch. 17-09 : 9S와 A2

기계생명체를 파괴하고 대치하는 9S와 A2. A2는 서로 죽이는 건 무의미하다고 설득하지만, 증오에 가득 찬 9S에겐 통하지 않았다. 그렇게 마지막 요르하 기체간의 사투가 시작된다.

2.7.10. Ch. 17-10 : 종국(終局)

9S와 A2가 각자 최후를 맞이한다.
2.7.10.1. Ch. 17-10_1 : A2의 최후(C 엔딩)
(A2를 선택한다.)
9S를 쓰러트린 A2는 바이러스 오염을 제거하기 위해 그의 시스템 내부로 들어간다.
2.7.10.2. Ch. 17-10_2 : 9S의 최후(D 엔딩)
(9S를 선택한다.)
검을 휘두르는 9S와 반격하는 A2. A2는 뇌리에 2B의 목소리가 들려와 순간 멈춘다.
검에 찔린 A2는 무너짐과 동시에 9S를 검으로 찌르고 만다.

2.7.11. Ch. 17-11 : 요르하 계획 최종 단계(E 엔딩)

모든 요르하 기체의 블랙박스 반응이 정지. 포드들은 요르하 계획을 최종 단계로 이행한다.