2007년 3월 개편 때 '석현동 - 내화촌장자동 - 관해동 - 신동 - 연산주공아파트 - 2호광장 - 연동육교 - 1호광장 - 목포역 - 죽동 - 홍일고 - 북항사거리 - 해양대' 구간을 운행하던 5번과 1번의 실내체육관 연장 지선이 통합되었고, 번호도 61번으로 바뀌었다. 당시에는 석현동 방향이 기계공고를, 삼학동 방향이 구 청호시장을 경유하였다.
2007년 4월 1일에 양 방향 모두 구 청호시장을 경유하는 것으로 정리되었다. 3월 개편 때 목포역을 경유하지 않도록 바뀌었던 노선들이 대거 환원된 반면, 이 노선은 민원이 별로 없었는지 미경유로 유지되었다.
이후 내화촌, 장자동, 노득동이 대양산단 부지에 편입되면서 축구센터로 단축되었다.
2016년 5월에 축구센터도 들어가지 않는 걸로 변경되었고, 배차간격도 90~100분으로 길어졌다. 또한 폐선된 8번 대신 하루 6번 고하도까지 연장운행을 하는 61A번이 신설 되었다. 한때는 하루 3번(석현동 07:30, 10:00, 15:00)은 고하도윗마을까지 갔으나 현재는 가지 않는다.
목포 밖으로 나가지 않는데도 배차간격이 1시간을 넘어가는 유일한 노선이다. 2007년 개편 이전만 해도 목포시 오지노선 중 하나였으나, 백련동은 아파트촌이 되어버리고, 내화촌 쪽은 대양산단부지로 편입되어 오지라고 할만한 곳은 대박산 인근에 있는 도룡동과 이후 추가된 고하도 정도만 남았다.
오지 노선이고 목포대교를 건너지만 목포시 밖으로 나가지 않아 시계외요금이 없다.
통합 배차간격은 60분(1일 13회)며, 이 중 절반(석현동 0630, 0900, 1130, 1400, 1630, 1800 / 고하도 0730 1000 1230 1500 1730 1900)은 고하도까지 간다. 그나마 운수회사에서 못 해먹겠다고 2시간에 한 번으로 줄이겠다는걸 목포시에서 달래고 달랜 결과다.