쉘터는 완전하게 밀폐하여 외부와의 접촉을 차단하지만, 외부의 오염물질이 쉘터 내부로 침입할 경우 정해진 정화 과정을 통해 쉘터를 보호하도록 설계된다. 정화 규모는 유입된 오염 물질의 확산 정도에 따라 정해지며, 오염 물질이 유입된 구역을 폐쇄하고 해당 구역을 소각 처리한다.
정화과정은 현장의 상황에 따라 지연하거나 취소될 수 있으며, 시 의회가 최고 권한을 갖는다. 시 의회가 의결 능력을 상실한 경우 쉘터 최고 관리자가 최고 권한자가 되며, 쉘터 최고 관리자가 결정 능력을 상실한 경우에는 1급 군사보안접근, 1급 민간정보접근, 1급 쉘터정보접근 승인 플러그를 동시에 인증하여 임시권한을 부여받을 수 있다.
소각 지역에 유지와 가솔린이 배합된 네이팜 액이 살포된다. 네이팜 액의 살포 후, 고압산소가 분사되며, 이후 스파크 모듈이 점화한다. 점화 후 3시간 이내에 산소 공급을 차단하며, 액화 이산화탄소를 살포하여 소각과정을 종료한다. 소각 개시 과정은 2시간을 초과하지 않으며, 소각 진행은 5시간을 초과하지 않는다.
정화 과정을 취소할 수 있는 권한자의 직접 인증이 불가능할 경우 3종의 1급 권한 플러그를 동시에 인증하여 권한을 부여받을 수 있다. 임시 권한의 부여는 중앙 통제실에서 가능하며, 1급 군사보안접근, 1급 민간정보접근, 1급 쉘터정보접근 승인 플러그를 각 10초 이내에 동시인증을 하여야 한다. 인증이 완료되면 임시 권한이 부여되며, 임시 권한으로 정화 프로세스에 접근하여 정화과정을 변경, 지연, 취소할 수 있다.