1968년 시미즈시에서 태어난 오타케 나오토는 준텐도 대학을 졸업하고 1991년 요코하마 플뤼겔스에 입단하며 프로 선수 생활을 시작했다. 요코하마 플뤼겔스에서 주전 수비수로 활약하며 팀의 J리그 컵 우승(1993년)과 천황배 우승(1998년)에 기여했다. 1999년 교토 퍼플 상가로 이적하여 2001년까지 활약한 뒤 현역에서 은퇴했다.
은퇴 후 지도자의 길을 걷기 시작해 2018년 J3리그의 가이나레 돗토리 감독으로 부임하여 팀을 이끌었다. 2022년에는 같은 J3리그의 FC 오사카 감독으로 자리를 옮겨 현재까지 팀을 지휘하고 있다. 선수 시절 쌓은 경험을 바탕으로 젊은 선수들을 육성하고 팀의 전술적 발전을 추구하는 지도자로 평가받고 있다.