정여립이 낙향한 후 진안군의 죽도에 서실을 세워 활쏘기모임을 여는 등 사람들을 규합하여 대동계를 조직하고 무력을 기를때, 든든한 조력자로 아버지를 도왔다.
1589년 정여립 모반 사건이 터지자 그의 아버지 정여립과 정여입의 심복 변승복과 함께 진안 죽도로 달아나는데 이때 진안현감 민인백이 정여립이 죽도로 달아난걸로 알고 죽도로 군대를 보내 정여립을 포위하는데 이때 정여립이 변숭복을 죽이고 정옥남도 베었으나 옥남은 운 좋게 살아남았는데 정여립은 칼을 목에 꽂고 자살을 하였다.
이때 정옥남은 진안현감 민인백에게 체포되어 고문을 받다가 민인백에게 길삼봉이 주도자라고 밝힌뒤 결국 처형됐다.