튀르키예와 일본은 19세기부터 외교관계를 맺었다. 당시 오스만 제국은 일본과 수교하기 위해 준비를 했고 19세기에 오스만 제국과 일본은 공식 수교했다. 양국간의 관계는 아타튀르크때 잠시 바뀌기도 했지만, 대체로 우호적인 관계를 유지하고 있었다. 2000년대에 들어서면서 튀르키예와 일본간의 교류와 협력도 증가하고 있다.
도쿄에 위치한 모스크인 도쿄 자미가 주 일본 튀르키예 대사관 소속이다. 튀르키예 정부는 도쿄 자미를 세웠고 현재에도 도쿄 자미는 튀르키예 정부와 주 일본 튀르키예 대사관 소속이다. 그리고 튀르키예와의 문화 교류도 있기 때문에 주 일본 튀르키예 대사관에서도 문화전도 개최되기도 한다.