원래 인간으로, 포켓몬 세계로부터 들려나오는 알 수 없는 목소리의 부름을 받아 포켓몬 세계로 건너왔다. 건너오면서 자신 또한 포켓몬이 되었다. 이후 혼란 상태에서 파트너를 만나 동행하게 된다. 갈 곳이 없다면 자신의 파라다이스를 만드는 데 협조해달라는 파트너의 부탁을 받아들여 함께 지내게 된다. 이 후 파트너와 함께 구조대 활동을 하게 되며, 노고치/에몽가/비리디온을 동료로 영입하면서 정식 구조대 요건인 '최소 5인' 조건을 갖추게 되고 정식으로 구조대를 조직한다.
블래키/에브이를 구출하면서 동료로 영입하게 되고, 미지의 장소인 대빙하(Great Glacier)로 원정대를 조직하여 떠난다. 대빙하에 다다르는 데는 성공했지만, 빙하궁에서 자신을 제외한 모든 포켓몬이 정신을 잃고 쓰러지고 만다. 이후 큐레무가 등장하여 더 이상의 원정이 어려워지자 귀환한다.
이후 자신을 부른 목소리의 주인공이 몽나란 것을 알게 되고, 몽나로부터 삼삼드래에게서 쫓기고 있는 자신을 구해달라는 요청을 받는다. 삼삼드래의 눈을 피하기 위해 파트너와 2인 구조대를 조직하여 몽나를 구출하러 떠나고, 이윽고 몽나를 발견하여 무사히 구출해오는 듯 싶었으나....
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갑자기 몽나가 본색을 드러내며 그동안 주인공 일행을 괴롭힌 나쁜 포켓몬들과 함께 주인공 일행을 공격해온다. 혼란스러운 와중에서도 포위망을 뚫는 데는 성공했으나 그 와중에 파트너와 헤어지고, 끈질기게 도주했지만 이윽고 가파른 절벽에 다다른다. 절체절명의 순간 갑자기 삼삼드래가 나타나 주인공을 구해주고, 안전한 장소로 피신한 다음 삼삼드래로부터 진실을 듣게 된다.
주인공을 포켓몬세계로 부른 목소리는 삼삼드래의 목소리였다. 몽나는 자신의 능력을 이용해 삼삼드래의 목소리를 차단했고, 가짜 비전과 목소리로 주인공을 꾀어냈던 것이다. 삼삼드래는 '생명의 목소리 (Voice of Life)'가 실체화한 것으로, 큐레무가 내다본 멸망의 미래를 피하기 위해 인간인 주인공에게 도움을 요청한 것이었다. 세계를 멸망시킬 수 있는 빙하궁 내의 '빙촉체(BitterCold)'는 일반 포켓몬들이 접근하는 것만으로 정신을 잃기 때문에[1] 인간인 주인공에게 도움을 요청한 것. 사실 이전부터 삼삼드래는 꾸준히 인간세계에 신호를 보내 인간들을 불러왔지만, 그 때마다 큐레무의 수하인 몽나가 꾀를 써서 인간들을 원래세계로 돌려보냈던 것이었다.
이후 인질로 잡힌 파트너를 무사히 구출해내고, 사막을 건너 탈출이 성공하려던 찰나 큐레무가 나타난다. 큐레무는 냉동빔으로 삼삼드래를 산산조각내고, 주인공을 무참히 공격하며 "다시 한번 세계멸망의 운명에 간섭하려 한다면 그때는 정말로 죽이겠다" 라는 경고를 남기고 떠난다. 하지만 주인공은 세계의 멸망을 방관할 수 없었고, 일행과 함께 다시 한 번 대빙하로 원정을 나선다.
이 후 빙하궁에서 큐레무의 수하들을 다시 한번 쓰러뜨리고, 거세게 저항하던 몽나까지 감화시킨다. 이후 빙촉체를 지키는 큐레무까지 쓰러뜨리고 빙촉체에 다다른다. 주인공은 동료들과 마을의 포켓몬들이 보내는 희망의 기운을 업고 홀로 거세게 빙촉체를 공격하지만, 빙촉체는 꿈쩍도 않고 오히려 부정의 기운을 널리 퍼뜨린다. 마을의 포켓몬들이 체념하고 희망의 기운이 약해지는 위기의 순간, 주인공은 포기하지 않고 필사적으로 빙촉체를 공격하여 잠시동안이나마 희망의 무지개를 하늘에 띄운다. 희망의 무지개를 본 마을의 포켓몬들은 다시 한번 희망의 기운을 주인공에게 보내고, 주인공은 마침내 빙촉체를 파괴하는 데 성공한다.
영웅이 되어 마을로 귀환한 주인공 일행를 위해 성대한 연회가 벌어지고, 홀로 쉬러 나온 주인공에게 죽은 줄 알았던 삼삼드래가 나타나 주인공에게 슬픈 진실을 전한다. 인간의 존재는 세계의 불안을 가져오기 때문에 주인공은 인간세계로 귀환해야 하며, 주인공이 귀환하는 순간 포켓몬들은 주인공에 대한 모든 기억을 잃어버린다는 것. 작별인사를 하지 않겠냐는 삼삼드래의 말에 "어차피 기억을 잃는다면 말 없이 헤어지는 게 낫다" 라면서 바로 다음날 아침 귀환하기로 한다.
다음날 아침 일찍 마을 언덕으로 올라온 주인공. 삼삼드래는 주인공을 빛의 구체로 감싸 하늘로 올려보낸다. 귀환하던 도중 주인공은 삼삼드래에게 마지막으로 한 번만 파라다이스를 보게 해달라고 하고, 이윽고 파라다이스 상공에 도착한 주인공은 파트너를 포함한 모든 동료들이 자신을 둘러싼 빛의 구체를 올려다보고 있음을 발견한다. 하지만 주인공은 "이미 그들은 나에 대한 기억을 잃었고, 그들은 그저 하늘에 뜬 빛의 구체가 신기해서 보고 있는 것일 뿐" 이라고 생각한다.
다시 원래 세계로 귀환하던 도중 삼삼드래는 주인공에게 한 가지 물건을 건낸다. 그것은 대빙하에서 발견한 보물로 목소리를 녹음하는 기능이 있는 '프리즘' 이었다. 주인공은 프리즘을 재생하고, 거기서는 동료들과 마을의 모두가 자신에게 한 작별인사가 녹음되어있었다. 우리가 함께 세계 멸망의 운명을 이겨냈듯이, 주인공에 대한 기억을 잃어버린다는 섭리도 이겨내고 결코 주인공을 잊지 않겠다고. 주인공은 모두의 목소리가 담긴 작별인사를 들으며 엎드려 울고, 본편 스토리가 끝난다.
그리고 후일담에 따르면 정말로 주인공에 대한 기억이 사라지지 않았다. 삼삼드래는 우주의 섭리에 반하는 일이라며 매우 놀라워하면서도 주인공을 아끼는 포켓몬들의 마음이 이루어낸 결과라며 감탄한다. 이후 삼삼드래는 파트너에게 '세계의 배꼽(WorldCore)' 최하층에 위치한 '섭리의 언덕 (Hill of Universial Order)'에서 소원을 빌면 주인공을 다시 만날 수 있을지도 모른다고 하고, 이에 파트너는 섭리에 언덕에 다다라 소원을 빈다. 섭리에 반하는 소원을 빌어서인지 언덕이 붕괴하기 시작하고, 삼삼드래와 파트너는 '주인공이 진심으로 돌아오길 바란다면 돌아올 수 있을 것' 이라며 하늘, 즉 스크린을 올려다본다. 여기서 "포켓몬 세계로 돌아가시겠습니까?" 라는 선택지가 뜨며 플레이어는 예/아니오를 선택해야 하는데, 예를 선택하면 주인공은 포켓몬 세계로 귀환하고, 마을과 파라다이스 모두에게서 환영을 받으며 후일담이 끝난다.[2][3]
[1] 빙하궁에서 주인공 제외 모든 포켓몬 동료들이 정신을 잃은 것도 이 때문[2] 만약 아니오를 택하면 던전 탐험에 실패한 것으로 처리되며, 다시 선택하려면 섭리의 언덕에 다시 한번 도착해야 한다[3] 물론 주인공도 원래세계의 가족/친구들이 있기 때문에 완전히 돌아온 것은 아니고, 두 세계를 자유롭게 왕래할 수 있게 된다.