1980년대 일본사회에서 일어난 민주화 운동 흐름의 하나로 재일한인의 인권문제를 중심으로 전개된 외국인 차별 철폐 운동이다. 1952년에 제정된 일본의 외국인등록법 제14조는 일본에 1년 이상 재류하는 외국인이 거주등록을 할 때 반드시 지문을 날인하도록 의무화하고 만약 이를 위반할 때에는 1년 이하의 징역이나 금고, 또는 3만 엔 이하의 벌금을 부과할 수 있도록 했다. 그러나 1980년대에 들어 재일한인을 중심으로 지문날인거부 움직임이 확산되고 이들을 둘러싼 재판이 각지에서 열리면서 지문날인제도의 수정이 불가피해졌다. 애초 3년마다 지문을 날인하도록 했던 것을 1982년부터는 5년마다 날인하도록 했으며 1987년부터는 원칙적으로 한 차례에 그치도록 했으나, 1993년1월부터는 지문날인제도 자체를 폐지하기에 이르렀다.
중국 동북지방에 진출한 일본기업이 1920년대부터 인원 관리를 위해 노동자들에게 지문날인을 의무화 했던 것은 일본 지문날인제도의 역사적 배경이 되고 있다. 또한 일본제국은 1932년괴뢰 정부인 만주국을 세우면서 범죄자로부터 지문을 채취하여 보관함으로써 재범을 막는다고 하는 '경찰지문' 제도를 준비했으며 1934년부터 이 제도를 실시했다. 그러나 만주국은 이 제도를 범죄 단속에 그치지 않고 노동자 국내 유입을 막고 주민을 정치적으로 통제하는 수단으로 활용했다. 전후에 들어 일본정부는 독립국가로 복귀함과 동시에 외국인의 지문날인을 의무화 했다. 주로 재일한인을 대상으로 한 지문날인제도는 명백하게 외국인을 감시하고 통제하고자 하는 정책적 의도에 따른 것이었다.
1980년9월도쿄신주쿠 구청에서 재일한인 1세 한종석(韓宗碩) 씨가 처음으로 지문날인을 거부한 것을 필두로 하여 재일한인 2세들이 대거 지문날인거부운동에 동참했다. 일본인 지식인과 법률가가 대거 거부운동을 지원하고 나섰고 일본정부를 상대로 하여 '굴욕의 낙인', '차별의 상징'인 지문제도를 철폐하도록 요구했다.
지문날인 거부운동의 결과 일본정부는 단기적으로 지문날인 의무화제도를 완화했고 1993년에 들어 이 제도를 폐지하기에 이르렀다. 지문날인 거부운동은 일본정부에 대해서는 제도적 민족차별의 문제점을 시정하도록 한 민주화 운동이었고 일본사회에 대해서는 국제화·다문화 공생 움직임을 확산시키는 계기가 되었다.