1. 공통 루트
튜토리얼을 대체한 공통 루트로 암야왕국의 왕자/공주로 시작한다. 클래식 모드라도 공통 루트에서 죽은 캐릭터들은 개별 루트로 들어가면 다시 살아나니 크게 걱정은 하지 말자. 다만 루나틱 난이도일 경우 4장에서 카제가 죽을 경우 5장의 진행이 힘들어지니 유의.- 서장 그 손이 개척하는 미래(その手が拓く未来) - 튜토리얼. 6장을 배경으로 하고 있다.
- 1장 암야의 동지(暗夜の同胞) - 용맥에 대해서 배우는 미션. 젠더가 알려주는 대로만 하면 된다.
- 2장 마검 간그레리(魔剣ガングレリ) - 가론 왕의 명에 따라 본격적으로 왕자로서의 임무를 수행하며 용맥, 적군 각개격파에 대해서 배우는 심화 미션. 전투로는 포로로 잡힌 린카/카제를 상대한다. 이후 카무이는 린카와 카제를 처형하라는 가론왕의 명령을 어기고 왕의 명령으로 속죄를 하기 위해 무한의 계곡으로 떠난다. 카무이의 성별에 따라 펠리시아/제이콥이 합류하며 군터가 동료가 된다.
- 3장 여정의 시작(旅立ちの刻) - 제압에 대한 튜토리얼 미션. 제이콥의 암기로 적장에게 디버프를 건 후, 공진을 이용해 군터가 마무리하고 카무이가 제압하면 된다. 펠리시아라면 군터에 카무이를 붙여서 적장의 반격을 기다린 후 마무리하면 될 수도 있다. 가론 왕이 보낸 측근 한스 때문에 백야 왕국 병력과 전투가 발생한다. 암야 왕국과 백야 왕국의 군대가 정면 충돌하기 직전 카무이는 암야 왕국으로 돌아가려 하지만 한스가 군터를 공격하여 절벽 아래로 떨어지고 카무이 역시 떨어진다.
- 4장 백야의 동지(白夜の同胞) - 릴리스에 의해서 구해져 무한 계곡으로 돌아온 카무이를 린카가 암야병으로 오해하고 습격, 백야 왕국의 마을로 오게된다. 여기서 료마는 동료로 싸워주긴 하나 플레이어가 컨트롤은 할 수 없다.
어느 난이도에서나 적군을 삭제해주시는 성능을 자랑한다. 이후 실제로 사용해도 같은 성능이 나와준다는 게 더 무섭다루나틱 난이도에선 마지막에 노스페라투가 4마리 모여있는 곳에서 유닛 로스로 이어질 수 있으니 유의. 용맥이 있다고 마음대로 쓰면 안 된다는 걸 알려주는 맵.
- 5장 어머니와 자식(母と子) - 상성 무기와 아주라의 노래에 대한 튜토리얼 미션. 카무이를 환대하는 미코토는 정체불명의 자객이 폭주한 마검의 파편에 사망하고 카무이는 용으로 변하여 날뛰게 된다. 미션이 끝나면 용석을 얻게 되어 사용할 수 있다. 생각보다 고난이도로 갈수록 힘든 장이지만 어차피 공략이 정형화되어 있어 몇번 하다보면 감이 온다.
시작하기 전에 아주라가 설명을 해주듯이 용 특효 검을 가진 유닛들이 있으니 조심하자. 사거리 안에 굳이 들어가지 말고 다가오면 선빵을 쳐주면 1타가 나는 점을 이용하자. 어느 난이도건 카무이는 용 특효 검에 2방이 난다.[1] 아래쪽으로 내려가면 하드까진 2명의 마법사 증원이, 루나틱에선 4명의 마법사 증원이 일어난다. 카제를 이용해서 적당히 정리해주자. 다만 주인공은 마법 방어력이 썩 좋지 않으니 마법사 수가 모이면 훅 갈 수있다.
- 6장 그 손이 개척하는 미래(その手が拓く未来) - 분기점이 갈리는 미션으로 해당 분기점에서 어떤 선택을 하느냐에 따라 각 루트의 6장으로 넘어간다.
2. 백야 왕국
백야 왕국의 편에 서는 루트. 세 루트 중 난이도가 제일 낮아 if를 처음 시작했다면 이 루트부터 시작하는 것이 권장된다. 자세한 내용은 항목 참고.3. 암야 왕국
암야 왕국의 편에 서는 루트. 세 루트 중 난이도가 제일 높고 조우전도 없지만, 명실상부 파엠 시리즈 중 최고의 전략성을 자랑하는 루트이다. 자세한 내용은 항목 참고.4. 투마 왕국
어느 쪽에도 서지 않고 진정한 흑막을 찾아 격파하는 루트. 거의 모든 플레이어블 캐릭터를 자유롭게 사용할 수 있는 루트이다. 자세한 내용은 항목 참고.5. 외전
루트 공통 캐릭터인 모즈와, 각 캐릭터들이 낳은 자식세대를 영입할 수 있는 맵이다.6. DLC
게임을 더 쉽게 플레이하게 해주는 DLC들이다.[1] 다만 난이도 별로 용 특효 무기를 맞고 남는 피가 조금씩 달라 그 뒤에 마법 한 방을 더 맞고 사망하냐 마냐가 갈린다