펠로타스의 역사는 보바델라 백작 고메스 프레이르 드 안드라데가 토마즈 루이스 오소리오 대령에게 브라질 남부에 위치한 석호인 라고아 도스 파토스 강변을 주면서 시작했다. 스페인이 브라질 남부를 침공하자 수많은 시민들, 특히 우루과이에 있던 포르투갈계 주민들이 펠로타스로 도망쳤다. 1780년 포르투갈의 정육업자인 주앙 핀투 마르틴이 펠로타스에 목장과 육류 가공 공장을 설립하면서 본격적으로 발전하였다. 주앙 핀투 마르틴의 사업이 성공하자 너도나도 펠로타스로 왔으며 특히 날씨가 온화해서 유럽과 아랍의 이민자들이 정착하기 매우 적합하였다.
옛날부터 펠로타스는 브라질의 주요 건조육의 생산지로 이 것은 사탕수수, 코코아, 커피 농장의 노예들을 먹이기 위해 만들었다. 이 건조육은 현재도 생산하며 펠로타스는 쇠고기 포장 공장이 많다. 현재는 아스파라거스, 오이, 무화과, 딸기를 재배하며 남미에서 가장 큰 복숭아 생산지이기도 하다. 또한 축산업도 발달하여 브라질에서 가장 많은 우유를 생산하기도 한다.