1. 단지동맹
꽁꽁 얼어붙은 두만강을 홀로 건너 연추로 향하는 안중근의 모습이 비춰지며 영화가 시작된다. 한편 연추의 비밀 안가에서 숨어 살고 있는 대한의군 동지들은 간신히 살아 돌아온 안중근을 보자, 우덕순, 김상현 등은 안도하며 그를 위로하지만, 이청섭 등 다른 독립군들은 무슨 염치로 여길 돌아왔냐고 그를 비난한다. 이에 안중근은 자신은 용서를 빌러 온게 아니라 할 일이 남았기 때문에 왔다고 말한다.때는 40일 전 함경북도 경흥으로 넘어가며, 안중근, 우덕순 등 대한의군들은 신아산에 있는 일본군들을 기습 공격할 작전을 세우고, 안중근의 선제 기습에 일본군들이 우왕좌앙하던 그때, 매복하던 의병단들도 총공격에 나선다.[1] 비록 수 많은 희생이 있었지만 안중근과 의병단은 신아산에서 대승을 거둔다.
전투가 소강된 후, 안중근은 사로잡힌 일본 소좌의 이름을 묻는다. 소좌는 자신은 대일본제국의 소좌 모리 다쓰오이며, 패장으로서 돌아갈 면목이 없으니 명예롭게 죽게 해달하고 한다. 안중근은 모리에게 가족이 있냐고 묻고, 모리는 그렇다고 답하자 안중근은 이들의 무기를 압수한 뒤 전쟁 포로로 석방하라는 명령을 내린다. 이에 몇몇 동지들은 반발하고, 심지어 이창섭은 만국공법 천 마디가 대포 한 발에 진다고 했다며 일본군 포로[2] 한명을 쏴죽인다. 이에 안중근은 이창섭을 말리며 자신은 조국의 국권을 회복하기 위해 싸우는 것 뿐, 4천만 일본인을 모두 죽이려는 게 아니다, 그들을 모두 죽이려면 더 많은 희생을 치뤄야 한다며 그를 설득한다. 모리 역시 명예롭게 죽여달라 했지만, 안중근은 애들 고아 만들지 말라며 그를 살려준다.
그렇게 포로들을 풀어준 뒤, 안중근에게 실망한 이창섭은 군대를 이끌고 떠난다. 우덕순, 김상현과 담배를 피던 안중근은 식량을 구하기 위해 잠시 자리를 비운다. 그러나 모리는 적들의 위치를 이미 알렸고, 안중근이 이끌던 대한의군은 일본군의 포격에 전멸하고 만다. 뒤늦게 돌아온 안중근 역시 동료들의 시신들을 보고 좌절하고 만다.
길을 잃었습니다. 나의 믿음으로 인해 많은 동지들이 희생되었으니 더는 살아갈 이유를 찾을 수가 없었습니다. 그래서 모든 걸 포기하고 죽으려 했습니다. 그런데 그 순간에 깨달았습니다. 내 목숨은 죽은 동지들의 것이라는 것을. 나는 죽은 동지들의 목숨을 대신하여 살고 있다는 것을. 그리고 내가 해야 할 일을 알았습니다.
다시 현재. 대한의군 동지들은 동료들을 죽음으로 몰아간 안중근을 처벌해야 한다고 주장한다. 이 후 최재형은 안중근에게 왜 곧바로 연추로 오지 않았냐고 묻는다. 이에 안중근은 두만강을 건너 연추로 가려고 했지만 죽은 동지들 때문에 살아 돌아갈 자신이 없었다고 말한다. 하지만 그 순간, 안중근은 자신이 살아있는 것은 죽은 동지들의 목숨을 대신하여 살아있는 것을 깨달았고 아직 남은 할 일을 하기 위해 연추로 온 것이다. 안중근은 동지들의 앞에서 자신의 왼손 약지를 칼로 절단하고 태극기에 '대한 독립'이라는 네 글자를 피로 쓴다. 그리고 속죄의 의미로 늙은 늑대를 처단하겠다고 다짐한다.
2. 블라디보스토크
화면이 전환되고 이토 히로부미가 조선 합병을 가속화시킨다고 발표한다. 1909년 10월 17일 중국 대련. 끝없이 달리는 열차에는 안중근, 우덕순, 그리고 김상현이 타 있다. 이토 히로부미가 26일 하얼빈에서 한일합방을 논의한다는 기사를 읽은 안중근은 동지들과 1등석으로 간다. 이후 열차에 탄 이토는 경호원인 야마다에게 자신이 왜 조선 합병에 미적지근했는지 이유를 말하고, 조선이란 나라는 어리석은 왕과 부패한 유생들이 지배해 온 나라지만 저 나라 백성들이 제일 골칫거리야. 받은 것도 없으면서 국난이 있을 때마다 이상한 힘을 발휘한다며 평가한다. 또한 300년 전 도요토미가 조선을 침략했을 때도 의병들이 들고 있어났었고, 이번엔 만주에 있는 의병들이 골칫거리라며 한탄한다.한편 1등석에서 위조 신분증을 받고 가족 이야기를 나누던 안중근 일행은 1등석에서 조선말을 하는 사람이 있었다는 순사들에게 걸리고 말았고, 변명거리로 넘어가려 했지만 끝까지 추궁하자 결국엔 순사들을 때려눕히고 열차에서 탈출한다.
간신히 살아남은 안중근은 블라디보스토크의 은신처에서 이청섭 등 동지들을 만나고, 뒤이어 우덕순과 김상현 역시 무사히 돌아왔다.