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1. 개요
2006년 AFC 프레지던트컵은 AFC 프레지던트컵의 두 번째 대회이다. 이 대회는 ACL과는 달리 홈앤드어웨이로 진행되지 않고 모든 경기를 한 개최국에서 진행되었다. 2006년 AFC 프레지던트컵은 말레이시아 쿠칭에서 진행되었다. 조별예선은 8개팀이 2개조로 나누어 진행되었고 각조 1,2위팀이 준결승에 진출하였다. 이 대회는 2006년 5월 10일부터 2006년 5월 21일 까지 진행되었다.2. 참가팀
| 국가 | 팀명 | 참가자격 | 출전횟수 | 마지막 출전 | ||
| 네팔 | | 마낭 마르샹디 클럽 | 마티어스 메모리얼 A 디비전 리그 2005-06 우승 | 첫 출전 | - | |
| 부탄 | | 트랜스포트 유나이티드 | 부탄 A-디비전 2005 우승 | 2회 | 2005년 | |
| 스리랑카 | 라트남SC | 킷 프리미어리그 2005-06 우승 | 첫줄전 | - | ||
| 중화민국 | | 타퉁FC | 인터시티 풋볼 리그 2005 우승 | 첫줄전 | - | |
| 캄보디아 | 케마라 케일라 FC | 캄보디아 리그 2005 우승 | 첫줄전 | - | ||
| 키르기스스탄 | | FC 도르도이 디나모 | 키르기스스탄 리그 2005 우승 | 2회 | 2005년 | |
| 타지키스탄 | 파일:external/eac2bc219a7ce99212ed67a690b9cfe1d7f76c94afde8eb910f18825e5a3e804.jpg | 바흐시 쿠르곤텝파 | 타지키스탄 리그 2005 우승 | 첫줄전 | - | |
| 파키스탄 | 파키스탄 아미 FC | 파키스탄 프리미어리그 2005 우승 | 첫줄전 | - | ||
3. 조별예선
3.1. A조
| 팀명 | 경기수 | 승 | 무 | 패 | 득 | 실 | 차 | 승점 | |
| | 케마라 케일라 FC | 3 | 2 | 1 | 0 | 8 | 3 | +5 | 7 |
| | 타퉁 FC | 3 | 2 | 0 | 1 | 10 | 6 | +4 | 6 |
| | 라트남SC | 3 | 1 | 0 | 2 | 2 | 7 | -5 | 3 |
| | 파키스탄 아미 FC | 3 | 0 | 1 | 2 | 2 | 6 | -4 | 1 |
3.2. B조
| 팀명 | 경기수 | 승 | 무 | 패 | 득 | 실 | 차 | 승점 | |
| | 바흐시 쿠르곤텝파 | 3 | 2 | 0 | 1 | 6 | 4 | +2 | 6 |
| | FC 도르도이 디나모 | 3 | 2 | 0 | 1 | 5 | 3 | +2 | 6 |
| | 마낭 마르샹디 클럽 | 3 | 1 | 0 | 2 | 3 | 5 | -2 | 3 |
| | 라트남SC | 3 | 1 | 0 | 2 | 3 | 5 | -2 | 3 |
4. 토너먼트
4.1. 준결승전
| 경기 | 팀명 | 스코어 | 스코어 | 팀명 | ||
| 4강 1경기 | | 케마라 케일라 FC | 0 | 3 | | FC 도르도이 디나모 |
| 4강 2경기 | | 바흐시 쿠르곤텝파 | 3 | 1 | | 타퉁FC |
4.2. 결승
| 팀명 | 스코어 | 스코어 | 팀명 | ||
| | FC 도르도이 디나모 | 2 | 1 | | 바흐시 쿠르곤텝파 |
| 2006년 AFC 프레지던트컵 우승 |
| FC 도르도이 디나모 |
| 첫번째 우승 |
- 저번 대회와 같이 타지키스탄 리그 우승팀과 키르기스스탄 리그 우승팀이 결승전에 올라왔으나 이번 대회에서는 키르기스스탄 리그 우승팀인 FC 도르도이 디나모가 우승하였다.