기원을 알 수 없는 조직으로 지상 진출 초기에 급등장하여 기업에게 차세대 AI 기술을 제공하며 무인병기의 발달을 유도했다. AC3SL의 히로인(?)인 세레 크로왈도 이곳 소속의 연구원. 플레이어와는 연구소에 발생한 화재를 진압하는 필수 의뢰에서 처음 접촉하게 된다.
AI 연구소에서 제공하는 AI의 성능은 상당히 매력적이었는지 레이븐, 기타 용병들의 무력을 빌려야 했던 기업들은 상당한 성능의 무인 AC와 고성능 무인 MT, 무인 군사 기지 등을 마구 제작해댄다.
그러나 그 정체는 사일런트 라인 너머에 존재하는 또 다른 레이어드의 관리자. 그가 관리하던 레이어드의 인류는 이미 레이어드에서 나오지 못하고 사멸한 것으로 추정되나 자신의 레이어드에 보전되어 있는 구세대의 기술들을 지상에 진출한 인류가 손에 넣어도 될 것인가를 판정하기 위해 사일런트 라인을 구축하고 있었다. 기업들의 분쟁 속에 AI 연구소는 대형 AC를 투입해 지상의 인류를 시험해보고자 했고 그 중 악조건 속에서도 대형 AC를 물리치고 살아남은 플레이어를 이레귤러로서 주목해 세레 크로왈이라는 이름으로 접촉해 온다.
지상의 분쟁이 확대되면서 미라쥬 사가 사일런트 라인 너머의 기술을 손에 넣을 필요를 느끼고 여러 레이븐을 고용, 사일런트 라인 돌파의 최대 걸림돌이던 위성 캐논 장악에 성공하자, AI 연구소는 본색을 드러내며 그들의 기술이 개입된 모든 AI 병기들의 제어권을 빼앗고 공격을 가하며, 미라쥬에서 확보했다고 생각했던 위성 캐논 역시 제어불가능한 상태로 폭주시킨다.
대부분의 전력을 AI로 매꾸고 있던 기업들은 거의 무력화 되어버린 상황에서 모든 기업의 공동 의뢰를 받은 글로벌 코텍스는 뛰어난 레이븐들을 총동원하는 대규모 작전을 펼쳐, 위성 캐논 파괴·사일런트 라인의 무인병기 방어선 돌파를 시도하고 플레이어는 그 끝에 사일런트 라인을 돌파, 레이어드로 진입해 AI 연구소, 관리자 IBIS와 마주하고 특수병기 I-CFFF-SERRE와 싸운다.