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1. 오원택 열사 사건
90년대에 '손씨 일가 퇴진을 위해 시위를 하던 학생들'과 '장학금을 끊는다고 학교당국 측에게 협박당한 운동부 학생들' 사이에 손도끼와 쇠파이프가 오가는 집단난투가 벌어진 적이 있다. 당시 분위기는 유도부가 학교내를 순찰하며 대자보를 찢고 학생을 폭행하고 운동부원이 총학생회장을 납치해 강원도 두메 산골로 버리고 오는 등 거의 학교가 계엄령이었다고 한다.이 때 서울캠퍼스 학생회 부회장이었던 오원택 열사가 유도부가 휘두른 야구배트에 안면을 강타당해 수술을 받고, 치료후 군에 입대하였으나 의문사한다. 사인에 대해서 야구배트로 맞은 것에 대한 후유증이다, 같이 입대한 유도부 학생에 의한 타살이다 등 여러가지 썰이 돌았으며, 지금도 의문이다. 다만 확실한 것은 직, 간접적인 어떤 형태로든 전 이사진이 관계되어 있다는 것.
현재 학교에는 서울, 수원 캠퍼스 모두에 오원택 열사의 추모비가 세워져 있으며 매 3월마다 열사의 추모식을 거행하지만, 일부 학생들을 제외한 상당수의 학생들이 오원택이 누군지도 모르고 추모식도 안 간다. 씁쓸한 현실이 아닐 수 없다. 재학생, 졸업생이라면 최소한 오원택이라는 사람이 누구인지, 옛 선배들이 비리재단척결과 학생민주화를 위해 얼마나 노력했는 지에 대해서는 머릿속에 새겨두도록 하자.
고 오원택 열사는 2012년에 명예졸업장을 추서받았다.
2. 막장 학생운동
수원캠퍼스는 90년대에 NLPDR 학생운동 계열이 강했는데 98년 총학생회 선거에서 NL 내부 계파 사람사랑계열과 자주대오 계열이 거하게 한번 붙은 적이 있었다. 당시 사람사랑 계열 후보가 약우세를 점한 상태에서 자주대오 계열인 선관위장이 부정선거 꼬투리를 잡아 선거 무효를 선언하고 도주한 것이다. 분노한 사람사랑계열 후보 진영은 각목을 들고 선관위장을 찾아헤메는 등 폭력사태 직전까지 갔었다. 원래부터 양 진영이 사이가 안 좋았지만, 이렇게까지 심화된 이유는 사람사랑 계열 후보가 한총련 산하 경인총련 의장으로 내정되어 있었기 때문이다. 한총련의 이목이 집중된 가운데 라이벌 입장에서는 필사적으로 싹을 자르려 했던 것.아무튼 선거는 무효화되었으나 어떻게든 당선이 필요했고 수적으로 우위였던 사람사랑 계열 후보측이 멋대로 각 과 학생회장을 모아 날치기 당선을 선언해 버리는 것으로 마무리되었다. 그리고 날치기로 당선된 후보는 예정대로 경인총련 의장이 되었다.
굳이 이 사례만이 아니더라도 대대로 학내 학생운동 계열이 막장성이 심해서 4학년을 후보로 내세웠다 당선후 바로 졸업해 버렸다던가, 등록금 인하 시위를 하다가 농활 때문에 하던거 내팽개치고 가버린다던가 하는 등등 웃지 못할 에피소드들이 많았다. 그리고 이들은 학교의 막장화에 분명히 한 몫을 했다. 그래서 임시이사 체제 이후부터는 세력이 많이 죽어서 총학 선거때마다 후보를 내기는 하나 쭈욱 비운동권 총학생회가 이어지고 있다.
3. 신분당선 연장 구간 역명 갈등
경기대학교 측은 SB05-1역의 역명으로 경기대역을 기대하고 있었으나[1], 역명 투표 당시 경기대 기숙사생들의 표가 무효표 처리되면서 논란이 되고 있다. 해당 역은 종착역으로, 광운대역의 예에서 보듯 종착역 표기가 가져오는 홍보 효과가 엄청나기 때문에 경기대 측은 지역주민과 첨예하게 대립하고 있다.지금은 협의 끝에 광교(경기대)역으로 정해졌다. 참고로 '(경기대)'는 부역명이 아닌 병기역명으로, 역명판 및 노선도 등에서 부역명의 경우 표기해도 그만 안 해도 그만이지만 병기역명은 무조건 표기된다.
4. 한경대와의 교명 공방전
한경대학교가 경기국립대학교란 이름으로 개명을 시도했을때 소송을 걸어 저지한 적이있다. 비슷한 경우로 경상대학교와 경남대학교가 있다.5. 이완구 채용 논란
이완구 전 총리가 한 때 경기대학교의 행정대학원 교수직을 역임했었다. 근데 채용과정에서 구재단인 손씨일가 측과 커넥션이 있었다는 의혹이 총리임명 청문회에서 밝혀지기도 했다.6. 정치권 낙하산 논란
2004년 손종국 당시 총장이 학교 경영관련 비리로 구속 되면서 손총장의 장인이 이사장으로 있던 학교법인 경기학원의 이사진을 교욱부에서 해임하고 관선이사를 파견했다. 그런데 후임 이사장이 당시 노무현정부 집권 여당 열린우리당 강원도지부장이었던 이창복 《이창복씨 경기大이사장 선출 논란》후임 총장은 열린우리당 창당준비위원회 공동위원장과 공동의장을 지낸 이태일. 이창복 이사장이 사퇴한 이후 이재정 당시 민평통 수석부의장이 이사로 선임 돼서 논란이 일었다.《大學 임시이사도 ‘낙하산》
2017년 취임한 김인규 총장 역시 과거 KBS 사장이었는데, 경기대학교와 별 연관이 없던 사람이 구재단측의 입김으로 낙하산 임명 됐다는 논란이 있었다.#
7. 유튜브 사이버 강의 테러사건
2020년 3월, 코로나 19로 인해 대학들의 강의가 온라인 강의로 대체되자, 유튜브를 통해 사이버 강의를 실시간 진행하는 교수들이 있었다. 문제는 이런 사이버 강의를 골라서 쳐들어가 댓글창을 테러하는 인간들이 나타났다. 주로 일베, 야갤, 롤갤, 수갤 등 일부 사이트 악성유저들인데 이들 때문에 수업이 폭파하고 각종 대학의 교수들과 수강생들만 피해를 입었다. 경기대에서는 3월 16일 교양학부의 모 교수 강의가 그 대상이 되어 테러를 당한 것.8. 기숙사 코로나 19 생활치료센터 전환 논란
문서 참고.9. 화성 여대생 살인 사건
2004년 10월 27일에 경기대학교 관광학부 2학년 학생이었던 노XX 양(1984년생, 당시 20세)이 실종되었다가, 46일 후에 화성시에서 변사체로 발견된 사건이다. 그것이 알고 싶다 974회 (2015.2.28 방송)에서도 이 사건에 대해 방영하였다. [age(2004-10-27)]년이나 지났지만 아직 범인은 밝혀지지 않고 있다.10. 배구부 선발 부정행위
2022년 10월, 경기대에 따르면 배구 체육특기생 선발을 위한 실기전형이 있던 지난 10월19일 A씨와 배구부 코치 B씨는 실기전형 응시자 가운데 합격자로 미리 정해둔 학생 11명에게 홍색테이프를 나눠줘 이를 손목에 테이핑 하게끔 했다. 해당 제보가 잇따르자 선발과정에서 부정행위가 있었다고 판단되어 경찰 수사가 시작되었다. "대학 배구부 합격자 손목에 테이핑"…경찰, 부정행위 관련 수사[1] 경기대가 차량기지 부지를 일부 제공한 바 있다.