1. 과한 게스트 섭외 논란
멤버 분량 분배 문제가 자주 제기되고 있는데도 꾸역꾸역 게스트를 섭외해왔다. 레인보우와 콘7 섭외 때 이미 분량 분배도 제대로 안 하면서[1] 게스트를 왜 부르냐는 비난을 받았지만, 그럼에도 불구하고 지금도 꾸준히 부르는 중이다. 게다가 코로나19 때문에 위험한 와중에 노마스크로 게스트를 6명 이상이나 불렀다. 칸막이를 세우고 마스크를 씌워달라고 해도 도통 듣질 않는다. 팬들은 그저 확진 안 되기를 빌면서 심장 졸이며 시청한다. 게다가 한 번 출연한 적이 있는 게스트도 특집명만 바꿔서 기본 2~3번 이상 출연시키는 것도 빈번한 편이다.2. 안내원 태도 논란
콜센터 안내원 중 한 명이 방송 중에 딴 짓을 하고 있다는 증거가 나왔다. 안 그래도 전화 연결이 잘 안 된다며 말이 많았던 초창기에 이런 논란이 나와서 시청자들의 불만을 가중시켰다.3. 격파 논란
16회 방송분에서 나태주의 발차기 퍼포먼스가 있었는데, 이때 부러진 파편에 하마터면 이찬원이 맞을 뻔한 일이 있었다. 사람들 모여 있는 곳에서 피하라고 하지도 않고 격파를 시켰냐며 논란이 되었다. 비단 이찬원 뿐만이 아니라 다른 멤버들도 맞을 수도 있었다.4. 방역 논란
제대로 칸막이도 세우지 않고 마스크도 씌우지 않고 시도 때도 없이 게스트를 불러댔다.[2] 급기야 미스터트롯 탑6, 미스트롯2 탑7[3], 미스터 레인보우[4], 미스 레인보우[5], 총 28명이라는 역대 최다 인원 출연자를 마스크 없이 한 무대에 세워 방역을 엉망으로 한다는 비난을 받았다. 또 이 방송은 아니지만 뽕숭아학당도 사랑의 콜센타와 마찬가지로 발방역을 해서 고정 출연자 중 3명이 확진 되었다. 출연 예정이였던 게스트가 출연 직전에 확진 판정을 받아서 접촉할 뻔한 아찔한 상황도 있었다. 게스트 섭외를 자제해달라는 요청도 늘어났지만 제작진은 눈막 귀막 중이다.5. 게스트 자질 논란
게스트를 자주 섭외하는 만큼 논란 있는 게스트도 꽤나 있다.6. 미스트롯2 끼워팔기 논란
TV 조선 홈페이지를 통해 '인터넷 사서함 20호'라는 공지로 사연 모집을 하면서 미스트롯2 6인[7]이 인턴으로 합류한다는 얘기가 나왔다가 반발로 인해 삭제된 바 있다. #[8][9] 결국 인턴 대신 '특별 알바생'이라는 이름으로 나왔고, 미스 6 출연분에서 인터넷 사서함은 제외되었다. 프로그램 종영 이후로는 뽕숭아학당에서 끼워팔기를 진행 중이다.[1] 한 명은 아예 한 곡 밖에 부르지 못한 채로 끝난 경우도 있다. 특정 멤버가 마이크를 잡고 노래하는 사진이 올라왔지만 노래가 방송에 안 나온 경우도 빈번했다.[2] 거의 대부분 TOP6 인원 수에 맞춰서 6명을 섭외했다.[3] 양지은, 홍지윤, 김다현, 김태연, 김의영, 별사랑, 은가은.[4] 나태주, 김수찬, 류지광, 강태관(김호중을 대신해 탑6에 들어갔다.), 남승민(탑6에 들어간 강태관 대신 레인보우로 출연했다.), 김중연, 신인선, 황윤성.[5] 강혜연, 마리아 엘리자베스 리스, 윤태화, 황우림, 김연지, 허찬미, 류원정.[6] 단, 이 쪽은 출연 전에 사생활 문제가 불거지면서 게스트 섭외가 전격 취소되었고, 공백은 후배 가수 박구윤으로 메웠다. 또한 사랑의 콜센타 녹화 취소 외에도 비슷한 시기에 트롯 전국체전도 출연하기로 했는데, 이 방송도 출연을 취소하기로 했다. 이후 2년 가까이 자숙했다가 2022년 6월을 시작으로 다시 방송 활동을 하기 시작했다.[7] 양지은, 홍지윤, 김의영, 별사랑, 은가은, 강혜연.[8] 물론 미스트롯2 6인의 실력도 뛰어나고 이들 역시 무명 시절이 길었던 만큼 응원하는 사람들도 많다. 다만 콜센타를 오랫동안 애정했던 대다수 시청자들이 보기엔 미스트롯2 참가자들의 합류로 인한 TOP 6의 분량이 줄어들고(특히 '인턴'이라는 표현이 이런 우려를 부추겼다), 미스 TOP 7에 대한 과한 홍보와 끼워팔기 등이 이뤄지는 것에 대한 불만을 표현한 것이라 본다. 문제는 시청자 게시판에 단순히 방송에 대한 비판 외에도 수위가 높은 악플도 적지 않은 상황인데, 이것이 열심히 노력한 참가자들에 대한 인신공격으로 이어져서는 안 된다는 것을 명심해야 할 것이다.[9] 미스트롯의 합류가 오히려 방송에 대한 몰입력을 떨어뜨린다, 초심을 잃은 느낌이다 등의 내용이 필터링 없이 돌아다니고 있는 상황이다. 4월에 곧 미스트롯 2 멤버들이 주축이 되는 예능도 방영되는 만큼 시청자들의 의견을 반영하여 출연 분량에 대한 적절한 분배가 필요할 것으로 보인다.