SK플래닛 스타크래프트 프로리그 시즌 1에서 4승 6패를 기록했다.
3월 18일에 열린 SK플래닛 스타크래프트 프로리그 시즌 1 준플레이오프 2차전에서 팀이 세트스코어 0:1로 패하던 2세트 제이드에 출전하여 kt 롤스터의 김성대에게 패했다. 그러나 그 날 팀은 4:2로 역전승하였다. 허나 팀은 다다음 날 경기에서 0:4 셧아웃을 당하는 바람에 준플레이오프에서 탈락. 그리고 그 날 장윤철은 경기에 나오지도 못했다.
4월 1일에 열린 tving 스타리그 2012 예선 J조 4강에서 STX SouL의 테란 김영주를 세트스코어 2:0으로 이겼으나, 결승전에서 김명운에게 0:2로 패하여 탈락했다.
SK플래닛 스타크래프트 2 프로리그 시즌 2 정규시즌에서는 브루드워 7승 1패, 자유의 날개 0승 6패[1]를 거두었다. 9월 22일, 삼성전자 칸과의 결승전 2세트(네오 그라운드 제로)에서 평소의 견제 위주 플레이 대신 강력한 일격 두 번으로 상대 이영한을 거꾸러트리고 전반전을 CJ의 승리로 마무리했으며, 브루드워 최후의 저프전, 그리고 브루드워 최후의 공식전을 프로토스의 승리로 만들었다. 또한 팀도 전반전은 물론 후반전도 이기면서 프로리그 우승을 차지하는데 성공했다.
이후 또래 토스 선수들인 진영화와 이경민이 차례차례 은퇴하면서[2] 90년대 CJ 3토스 중 유일한 현역 프로게이머이자 순혈[3] 선수가 되었다. 그러나 차기 시즌인 SK 플래닛 스타크래프트 2 프로리그 12-13에서는 한 번도 출전 기회를 갖지 못했다. 즉, 벤치 히터 신세. 은퇴 수순을 밟는 것이 아니냐는 팬들의 걱정이 여기저기서 나오고 있는 상황이었다. 결국 시즌 중이던 2013년 5월 28일, 프로리그 로스터에서 말소됨과 동시에 은퇴하였다. 김동우 감독의 말에 따르면 스타크래프트 2에 대한 의지가 줄어들면서 은퇴를 결정하게 되었다고... 이로써 90년대 CJ 3토스라 불리던 이경민, 진영화, 장윤철이 모두 은퇴 수순을 밟게 되었다. 그리고 그와 동시에 앞서 말한 브루드워 최후의 공식전 승리가 장윤철의 현역 프로게이머 시절 영원한 마지막 경기가 되었다.
[1] 참고로 스2에서는 주종족 프로토스가 아닌 테란으로 했다.[2] 이들 중 진영화는 SK플래닛 프로리그 시즌2를 앞두고는 제8게임단(後 진에어 그린윙스)로 이적하였다. 그나마 거기서도 딱 한 시즌만 활동하고 곧바로 은퇴.[3] 왜 순혈이냐면, 진영화는 SK플래닛 프로리그 시즌1을 끝으로 이적하면서 CJ를 떠났고, 이경민은 하이트 스파키즈 출신으로써 순수 CJ 출신이 아니기 때문이다. 그러나 장윤철은 스타계의 시작과 끝을 오로지 CJ 단 한 팀에서만 한 원 클럽 플레이어이므로 순혈이 맞다.