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인테르 에이스 시절
만약 바르셀로나로 이적하지 않았다면... 이라고 생각되던 시기
구단주 마시모 모라티의 적극적인 투자와 관심에도 불구하고 인테르는 17년간 리그 타이틀을 획득하지 못한 팀이었다. 사실 즐라탄이 유벤투스를 떠난다고 공공연히 말하고 다녔을 때 적극적으로 영입에 관심을 보인 구단은 AC 밀란이었다. 아드리아노 갈리아니 단장은 매의 눈빛으로 달려들었고 협상이 지지부진해지자 구단주인 실비오 베를루스코니 구단주가 직접 나서서 저녁 약속까지 잡을 정도였다. 그러나 즐라탄은 리그 우승을 오랜시간 못한 인테르에 가서 타이틀을 손에 넣고 싶은 언더독 마인드가 마음에 들어 인테르를 선택했다. 근데 사실은 호나우두가 뛰던 팀이라 더 마음에 들었다고 한다. 인테르로 이적한 이후 즐라탄은 본격적으로 기량을 만개하기 시작한다. 유벤투스 시절까지는 완성되지 않은 선수라는 느낌이 강했다면, 인테르 시절부터는 본격적으로 유럽을 대표하는 스트라이커로 성장한다. 인테르는 언제나 뒷심 부족으로 리그 우승을 놓치는 팀이었는데, 즐라탄과 파트리크 비에이라가 합류한 2006-07 시즌에는 그야말로 리그를 독주하며 마침내 뒷심부족을 극복하고 스쿠데토를 획득한다. 다음 시즌에도 인테르는 스쿠데토를 획득하지만 챔피언스 리그에서는 리버풀 FC에게 힘도 써보지 못하고 16강에서 광탈하면서 로베르토 만치니[1]가 사퇴하고 새로이 주제 무리뉴가 부임한다.
인테르로 부임한 무리뉴는 즐라탄의 사소한 일까지 챙기는 세심함을 보이는 반면, 훈련장과 경기장에서는 즐라탄이 아무리 멋진 플레이를 보여도 무반응으로 일관하는 밀당의 고수로서의 면모를 보인다. 이러한 무리뉴의 스타일은 즐라탄의 승부욕을 자극했고 럭비공처럼 어디로 튈 지 모르는 즐라탄의 기강은 완벽히 잡혀 엄청난 집중력을 보여주며 세리에 A를 씹어먹는 포스를 보여준다. 2008-09 시즌 내내 날아다닌 즐라탄은 리그에서 25골을 기록, 드디어 카포칸노니에레[2]타이틀을 차지하고, 즐라탄 이적 이후 인테르는 리그에서 3연패[3]를 달성한다. 당시 즐라탄의 포스가 어땠냐면 그때 세리에의 전성기를 달리고 있는 크랙이라면 AC 밀란의 카카나 안드레아 피를로 정도가 있겠는데 챔스나 국제대회가 아닌 리그만 놓고 본다면 전성기의 카카나 피를로 조차도 즐라탄이 이끄는 인테르의 리그 독주를 깨부수지 못했다. 당장 리그 우승 기록만 보더라도 발롱도르를 타고 챔스를 씹어먹던 카카의 밀란 시절 리그 우승은 이적 첫 시즌인 2003-04 시즌 뿐이다. 이 시절 인테르는 즐라탄과 마이콘이 이끌었다고 해도 과언이 아니었다.[4] 굇수급 포스를 보여준 리그와는 달리, 챔피언스 리그에서는 16강에서 디펜딩 챔피언이었던 맨유에게 탈탈 털리며 또 광탈을 하고 만다. 빅 이어에 목마른 즐라탄은 그 시즌 트레블을 달성한 FC 바르셀로나를 보고 "그래 이 팀이야"라고 마음을 굳혀 마시모 모라티 구단주에게 정식으로 이적 요청을 하고 사무엘 에투와 현금을 포함한 역대급 스왑딜을 통해 인테르를 떠나게 된다.
당연히 인테르의 울트라스들은 시즌 막판 지속적으로 떠날 것이라는 속내를 비친 즐라탄을 비난하기 시작했다. 라커룸까지 찾아와 즐라탄을 만류하는 팬들도 나타나기 시작했다. 그러나 즐라탄의 마음은 이미 바르셀로나로 굳혀졌고 야유하는 팬들에게 세레모니로 검지손가락을 입에 가져다 대며 조용히 하라는 제스처까지 하기도 했다. 막판에 좋지 않게 헤어진데다 훗날 즐라탄이 AC 밀란의 유니폼까지 입게 되었으니 인테르의 울트라스와 즐라탄은 영영 돌아올 수 없는 강을 건너고 말았다. 결국 즐라탄은 떠나게 되었고, 바르셀로나로 가는 즐라탄에게 주제 무리뉴는 "즐라탄, 챔스 우승하러 바르샤로 가는거냐? 근데 어쩌지? 다음 시즌 챔피언스 리그는 인테르가 우승할거다." 라고 작별인사를 했다. 그리고 인테르는 정말로 챔피언스 리그 우승을 하였다[5]