개구쟁이 꼬마 기관차 '토마스'는 지선에서 장난을 치다 그만 사고를 내고 만다. 사장님에게 혼이 난 토마스는 새 지선 공사가 한창인 공사장으로 보내진다. 새로운 공사장에서 일을 하게 된 토마스는 또 한 번의 말썽으로 깊은 구덩이에 빠지게 되는데, 그곳에서 토마스는 거대한 해적선을 발견한다. 그리고 며칠 뒤, 소도어 섬에 숨겨진 보물을 찾고 있다는 수상한 선원 '존'과 작은 보트 '스킵'을 만나게 되는데... 과연 토마스는 해적의 보물을 찾아내고, 다시 사장님의 가장 소중한 기관차가 될 수 있을까?
해당 작품에서 도널드와 더글라스 형제와 렉스, 마이크, 버트 같은 올드 캐릭터들이 복귀하여 많은 골수 토마스 팬들의 극찬을 받았다. 렉스, 마이크, 버트 같은 경우엔 원작 철도 시리즈 동화책에서만 등장하였고, TV 애니메이션 시리즈엔 단 한 번도 출연한 적이 없었기 때문에 이 작품이 첫 애니메이션 출연이라고 볼 수 있다.
국내에서는 많은 연예인들과 키즈 크리에이터를 불러와 작품을 크게 홍보했지만, 그다지 흥행하진 못했다.