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| *1 타 작품과의 콜라보작. 국내 극장 개봉함. *2 일본 현지방송 특집 편성작(극장 미개봉). 국내 극장 개봉함. *3 특정 인물의 이야기. 국내 극장 개봉함. | 명탐정 코난 극장판 템플릿 보기 | }}}}}}}}} | ||||
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1. 본편
1.1. 프롤로그
칠흑같이 어두운 밤 일본 경찰청 본청(국내판: 대한민국 경찰청)에 정체모를 여자가 침투해 슈퍼 컴퓨터에 저장된 영국의 "MI6", 캐나다의 "CSIS", 독일의 "BND", 미국의 "CIA와 FBI" 등 세계 각국의 기밀 데이터를 수집하고 있을 때였다. 갑자기 불이 켜지더니 후루야 레이가 이끄는 공안(국내판: 경찰청 보안국) 형사들이 나타나 그녀를 포위했다. 하지만 그녀는 건장한 형사 여러명을 순식간에 제압하고 차까지 뺏어 도주했다. 아무로 역시 곧바로 그녀의 뒤를 추격하던 중 라이벌 아카이 슈이치를 마주한다. 스파이가 타고 가던 차는 아카이의 라이플 탄환을 맞아 앞타이어가 터지는 바람에 속도를 이기지 못하고 도로 아래로 추락해 폭발해버린다. 여자는 살아남았지만 토토 수족관에서 비춰지는 다섯 색의 빛을 보더니 비명을 지른다. 이어 오프닝 타이틀이 올라온다.1.2. 기억을 잃은 여자
다음날, 코난과 하이바라, 소년 탐정단은 아가사 박사와 함께 초대형 규모로 건설된 '토토 수족관'에 놀러왔다. 이후 수족관에서 가장 인기있는 대관람차를 타러 가던 도중 벤치에 앉아있는 의문의 여자를 발견했다. 좌우 눈동자 홍채색이 다른 오드아이, 몸 여기저기에 나 있는 상처, 망가진 휴대전화, 심지어 자신이 누군지조차도 모르는 기억상실 증세까지. 여자를 가여워하던 소년 탐정단은 자신들이 여자의 기억을 되찾아주자고 했고 얼떨결에 여자는 소년 탐정단과 함께 다니게 된다.하지만 여자의 주위에는 검은 조직이 맴돌고 있었고 아무로까지 조직에 끌려와 추궁당하는 처지가 되고 만다. 게다가 소년 탐정단과 관람차를 타고 있던 여자는 갑작스레 두통을 느끼는 바람에 병원에 실려왔고 경시청에 인계된다. 그런데 곧 공안 형사들이 나타나 일방적으로 여자를 자신들에게 남겨 달라고 한다. 그리고 남몰래 여자의 뒤를 조사하던 코난은 검은 조직이 꾸미고 있던 엄청난 음모의 실체를 알고는 곧바로 아무로와 아카이에게 협조 요청을 한다.