2019년 9월 19일 전 울산현대고최청일 감독을 선임하는 한편 단장과 사무국장을 위촉하고 감독 및 사무국 직원을 채용했다.
2019년 11월 11일 부터 2019년 11월 22일 까지 진주시청 홈페이지와 진주시체육회 홈페이지를 통해 입단 공개 테스트 신청을 받았으며, 선수모집 공고를 해 총 68명이 신청, 서류심사를 통해 53명 지원자를 선발하여, 2019년 12월 2일과 3일 양일간 선수선발을 위한 공개테스트를 진주스포츠파크에서 진행한뒤, 5일 2차 최종테스트인 한국국제대학교와의 연습경기와 6일 면접심사를 통해 최종적으로 선수를 최종 선발하였다.
2019년 12월 23일 공식적으로 창단식을 열었다.
2021년 10월에는 진주시 차원에서 축구단의 자율성을 더 높이기 위해 선수들에 대한 보수 및 수당에 대한 규정을 구단 측에서 직접 정하게 하고, 진주시체육회나 축구관련 단체 또는 법인의 진주시민축구단 위탁관리에 대한 조항을 삭제했다.
창단 첫 해임에도 훌륭한 성적을 내자 진주시 차원에서도 반응이 좋은 것으로 보인다. 10월 24일포천시민축구단을 상대로 승리한 원정 경기에서 이상영 진주시의회 의장은 “구단주인 집행부에서도 적극적인 지원을 해야겠지만, 의회차원에서도 전폭적인 지원을 할 수 있는 방안을 마련토록 해야겠다는 생각이 드는 하루였고, 선수들이 자랑스럽다”며 “포천시의회 의장을 비롯한 부의장 등 의원들이 참석해 격려해주는 모습을 보면서 축구를 통해 시·군 간의 교류가 활성화 될 수도 있겠다는 느낌을 받았고, 앞으로도 이런 좋은 기회를 자주 가질 수 있도록 노력하겠다”고 전했다.#
10월 29일NH농협은행 진주시지부에서 5,000만원, BNK경남은행에서 2,000만원의 후원금을 기탁했고 ㈜화인바이오는 진주시민축구단에 매년 생수 20,000병을 기탁해 축구단 발전에 도움을 줬다. 후원기업 관계자는 “진주시민축구단 창단을 기쁘게 생각하며 후원금이 지역축구 발전에 도움이 되길 바란다”고 말했다.#
첫 시즌임에도 K4리그에서 3위의 성적을 거두어 4위팀 포천시민축구단과의 승격 플레이오프에 참가했는데, 경기를 치르기로 했던 진주시의 코로나19 상황이 심상치 않아져 포천시에서 원정을 불허했고, 이에 따라 포천시민축구단이 경기를 포기함으로써 K3-K4리그 승강 플레이오프에 진출하게 되었다. 포천과의 승격 플레이오프 관련 자세한 내용 또한 해당 문서를 참조. 이후 경주시민축구단과의 승강 플레이오프에서 2:2로 비겼으나, 상위리그팀 우선 규정으로 인해 승격에 실패하였다.
이 시즌부터는 대한축구협회 FA컵에 참가할수 있다. 시즌 시작 전 겨울 이적시장에서 K3리그의 부산교통공사 축구단으로부터 사회복무요원으로 소집된 이민우를, TNT 핏투게더 FC에서 신호연을 영입해왔다. 다른 한편, 은성수가 FC 남동으로 이적했다. 2월 22일에 구단 인앤아웃과 등번호 배번이 공개되면서, 21시즌의 선수단을 확정지었다.# 용품 스폰서는 험멜에서 프로스펙스로 변경되었고, 유니폼 디자인은 여전히 체크무늬 기반으로 작년에 비해 크게 달라지진 않았으나 스폰서 패치가 늘어났다.
7월 15일에는 팀 내에서 선수 1명이 코로나19 확진 판정을 받는 사단이 나기도 했다.#
진주는 창원시청 축구단과의 승강 플레이오프에서 패해 아쉽게 승격에 실패했는데, 리그 수준의 차이를 감안할 때, K3팀이 K4팀을 꺾는 건 일반적이지만 K4 사정을 잘 아는 축구계 관계자 말에 따르면 "창원시청은 올시즌 성적이 좋지 않았다. 선수 레벨도 진주시민이 더 좋다는 평가도 있었다"며 진주가 충분히 해볼만한 경기였다고 말했다. B씨는 진주가 베스트 전력을 총투입하지 않고 일부 로테이션을 가동했다며 그 배경을 의심하기도 했다.
K4 선수 출신 C씨는 진주 미드필더들이 역습 상황에서 느리게 수비에 가담하는 장면, 진주 골키퍼가 몸을 제대로 날리지 않고 성봉재에게 허망하게 두 골을 실점하는 장면, 두번째 실점 장면에서 진주 수비수 중 누구 하나 골문 쪽으로 달려오지 않은 장면을 의심했다. "일대일 상황에서 돌파하는 상대에게 발을 뻗어 막지 않는 수비수가 세상에 어디 있나. 선수 출신이라면 고개를 갸웃할 장면들이 많았다"고 '고의 패배' 의혹을 제기했다. 이에 대한축구협회 측은 "협회 담당자가 현장에서 경기를 봤다. 문제성 있는 경기는 아니었다"고 부인했다.
A, B, C씨를 비롯해 K3, K4에 종사하는 복수의 관계자들은 '크게 놀랄 일은 아니다'라고 입을 모았다. 이들의 발언을 종합할 때, K4에 속한 팀 중 절대 다수는 예산 등 현실적인 문제로 K3 승격을 사실상 거부하고 있다. K4 팀들의 1년 예산은 적게는 5억원, 많게는 12억원 정도로 알려졌다. K3는 양주시민축구단 등 일부 팀을 제외하곤 30억대를 쓴다. K3와 K4의 예산 차이는 이처럼 크다. K4는 규정상 최대 10명의 사회복무요원(공익)을 보유할 수 있다. 프로에서 억대 연봉을 받는 사회복무요원은 K4에선 매월 40~50만원의 훈련비와 정해진 승리 수당 정도만 받도록 되어 있다. 즉 사회복무요원에게 들이는 한 달 인건비가 대략 500만원, 1년에 6000만원이다. 이름값 높은 선수들에게 월급 명목으로 각종 수당을 포함해 200~300만원씩 지급한다는 소문은 돈다.
반면 K3는 사회복무요원을 보유할 수 없다. 모든 선수가 연봉제 계약을 맺는다. 최저 연봉 2000만원짜리 선수를 20명만 보유해도 1년 선수 인건비만 4억원이다. K3에는 연봉 7000~8000만원, 많게는 1억원대가 넘는 선수들도 있다. 예산 5억~7억을 쓰는 K4 팀들이 감당하기엔 벅차다. 게다가 K4 팀들이 K3으로 승격할 경우, 사회복무요원을 보유할 수 없어 새 판을 짜야 한다. 승격한 K4 팀 소속의 사회복무요원은 다른 K4 팀으로 '이적'해야 한다. 올 시즌 승격한 여주시민축구단 소속의 사회복무요원에 해당하는 이야기다.
즉 요약하자면 K4보다 K3에는 구단 운영비가 더욱 올라가서 구단을 운영하기 힘들 상황까지 갈 수 있기 때문이다. 이전 경기인 2023년 11월 18일에 이루어진 2023 K4리그승강 플레이오프 경기인 거제와 진주 경기에서도 거제의 승격 기피 현상이 일어났다. 결국 진주도 구단 운영이 힘들어질까 봐 승격 기피 현상이 일어난 듯하다.
[1]별무리경기장 → 고양종합운동장 보조구장[2] 10월 3일에서 10월 11일로[연기]코로나19 이슈[4] K4리그 운영규정 제29조에 따라 정규리그 전체 경기수의 ⅔이상 수행하지 않은 관계로 실격 구단의 잔여경기는 허용하지 않고, 앞서 치른 경기들은 무효 처리 된다.
