1940년에 아우슈비츠 강제수용소에서 루돌프 회스 소장의 부관으로 임명되었다. 1941년4월에 나쉬바일러 슈트르호프 강제수용소의 소장으로 취임한 크라머는 1942년에 친위대 대위로 승진하여 1944년5월부터 1944년12월까지 아우슈비츠의 가스실 관리자로 일했다. 1944년12월부터는 베르겐-벨젠 강제수용소의 소장으로 임명되었다. 베르겐-벨젠 수용소는 매우 위생상태가 나빴는데 이곳에 수용된 사람들은 대부분이 티푸스 등의 감염 및 굶주림으로 사망했다. 안네의 일기로 잘 알려진 안네 프랑크도 그 희생자 중의 하나다. 전후 베르겐-벨젠에서 해방된 수용자들이 <유대인들이 수용소에서 나갈 방법은 이 굴뚝 외엔 없다>라고 소각로를 가리킨 말은 매우 유명하다.